Necunoscute in algebra evolutiei

Sa ne intoarcem la secventele paralele Gorila – Om – Cimp pe care le-am analizat. Vom spune ca cele trei specii sunt frunze pe clada primate.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Am gasit distantele moleculare:

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Apoi am calculat drumul cel mai scurt. Gorila 2 + stramosul comun Om & Cimp 1 + OM 1 + Cimp 1 = 5.

Ce probleme ridica acest model?

  1. Prima problema este ca dificultatea operatiei creste exponential cu numarul de frunze. Puterea computerelor e limitata si arborele vietii este prea stufos.
  2. A doua problema este ca distanta observata este probabil mai mica decat distanta reala. De exemplu de unde stim ca T – ultima substitutie in secventa Om nu a fost mai intai C apoi T? De unde stim ca nu a avut loc o dubla substitutie? Cum calculam distanta reala (parental distance)? N.B. Diferenta intre om si cimpanzeu este prezentata uneori in valori diferite. Diferenta este intre distanta observata si distanta parentala dedusa.

  3. Cum putem calcula numarul de substitutii care a avut loc in istoria unei clade? Avem versiunea finala a textului dar nu avem ciornele.

  4. Au toate nucleotidele aceiasi rata de mutatii?

  5. Mutatiile conteaza numai la gameti. De aceea ceasurile moleculare par sa mearga mai repede la speciile cu viata mai scurta si rata de reproducere mai mare. Cum potrivim ceasurile in istoria vietii?

  6. Au existat in istoria vietii perioade cand ceasurile moleculare au mers mai repede? De exemplu in explozia din Cambrian?

  7. Care este relatia intre filogeneza moleculara si raportul fosilelor?

  8. Se poate experimenta macroevolutia in laborator (spoiler: Da).

Acestea sunt necunoscutele pe care vom cauta sa le rezolvam in prezentarile viitoare.

Anunțuri

18 Responses to Necunoscute in algebra evolutiei

  1. Astept cu mare interes. Pentru mine cel putin este o problema esentiala aceasta.

  2. O discutie pe care am purtat-o pe facebook cu un creationist si in care am facut pe avocatul diavolului de partea evolutionista. Pentru ca adevarul sa iasa la iveala dialectic. Asa se va vedea ca nu sustin nicio parte. Sunt sincer si vreau sa aflu adevarul .

    Eu : Exista ceea ce se cheama pseudogene, gene care au suferit mutatii si care nu mai codeaza pentru proteine. Evolutionistii spun ca aceste pseudogene nu mai au niciun rol, ci sunt doar niste vestigii ale evolutiei. Gena care codifica sinteza vitaminei c de exemplu, care este activa la soareci, dar care la om si primate (maimute) a suferit o mutatie si s-a dezactivat, oamenii, ca si maimutele avand nevoie sa consume fructe care contin vitamina c pentru a fi sanatosi. Soarecii si alte mamifere nu au nevoie fiindca organismul lor o produce. Problema pentru noi, creationistii, este ca mutatia este, la om si la cimpanzeu, exact in aceeasi pozitie, anume in secventa nucleotidica 80-107, la pozitia 97 unde lipseste o nucleotida, adenina. Fapte asemanatoare s-au constat si la multe alte gene, pentru hemoglobina, citocrom c si altele. Sansele ca mutatia sa fi avut loc intamplator si la oameni si la cimpanzei exact in aceeasi pozitie din zeci de mii de nucleotide, cum e in exemplul dat mai sus, sunt minime. Cu alte cuvinte, evolutionistii spun, acest fapt indica clar teza stramosului comun al omului si cimpanzeului de la care ambele specii au mostenit aceste mutatii ce au inactivat genele respective.
    Like · Reply · 2 · July 7 at 2:30pm
    Hide 31 Replies

    Like · Reply · July 7 at 2:47pm
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard O prostie, daca nu se cunoaste la momentul asta un rol pentru o gena, nu inseamna ca nu are nici un rol, e acelasi argument din ignoranta pe care l-au folosit evolutionistii ani de zile atunci cand vorbeau despre apendice.
    Iar daca exista o „mutatie” …See More

    The Vigilante
    When the ENCODE Project claimed that there is no such thing as junk DNA, Dan Graur…
    SCIENCE.SCIENCEMAG.ORG
    Like · Reply · 1 · 18 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Iuliu, evidenta pentru evolutie e coplesitoare. Nu e vorba doar de pseudogene, ci si de proteine, insertii retrovirale comune etc. Din pacate pentru noi, va trebui sa cautam moduri de a impaca credinta cu stiinta.
    Like · Reply · 8 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard 🙂
    Ce e aia insertie retrovirala ? E un argument din ignoranta, oamenii gasesc o bucatica de ADN despre care cred ca nu are nici o intrebuintare si atunci spun ca ar fi vorba despre un „retrovirus”. O prostie mare cat China. Retrovirusul e o chestie pe care o folosesc pentru a-si ascunde ignoranta.
    Like · Reply · 7 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Si sa-ti mai spun ceva Iuliu. A fost decodat inclusiv genomul omului de Neanderthal. Rezultatul – este non-uman. Adica este alta specie de hominid. O alta fundatura evolutiva. Cei de la Max Planck institute din Germania au facut-o. S-a facut pe baza analizelor multor mostre de ADN de la multi indivizi. Analizele sunt extrem de complete, fiindca s-au comparat fragmente din mai multe mostre.
    Like · Reply · 7 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Nu mai spune. Ce anume il face non uman ? 😀
    Iata unde duce tampenia cu retrovirusurile : https://www.sciencedaily.com/rel…/2015/01/150112093129.htm

    Do viruses make us smarter?
    Inherited viruses that are millions of years old play an important role in building up the…
    SCIENCEDAILY.COM
    Like · Reply · 7 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Deci se cunoaste ca acele parti ale genomului au rolul lor, dar de vreme ce tampitii au decis ca-s retrovirusuri, inseamna ca retrovirusurile ne-au facut mai destepti. 😀
    Like · Reply · 7 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Nu, retrovirusul e un retrovirus, asa cum e siHIV de exemplu. Iar pseudogenele exista. Sunt gene carora le lipsesc nucleotide sau care au nucleotide inlocuite si nu mai codeaza pentru proteine. S-au facut experiente pe soareci de laborator. S-au extirpat fragmente de ADN cu pseudogene. Soarecii nu au patit nimic.
    Like · Reply · 7 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Faptul ca Genomul sau cade in afara ratei de variatie a genomului homo sapiens. Si cade serios in afara.
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Asta in face non-uman.
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Daca nu ai aflat, si daca iti tai mainile sau iti scoti ochii o sa supravietuiesti. Nu mai zic daca iti scoti amigdalele sau apendicele. Acum 10 ani, inca se credea ca aceste organe sunt reminiscente ale unor timpuri trecute, exact cum se crede astazi …See More
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Iar daca genomul neandertalilor variaza mai mult decat variaza genomul nostru astazi, asta nu inseamna ca sunt non umane ci inseamna ca e posibil sa se fi petrecut un eveniment in trecut care sa fi schimbat major specia. De exemplu e posibil ca oamenii pe care-i numim neandertali sa fi fost construiti pentru a trai sute de ani, iar dupa o vreme, oamenii au fost construiti pentru a trai zeci de ani. :p
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Si homo erectus era tot din ala care traia sute de ani ?
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Ce-i cu homo erectus ? Unii gasesc in pamant un om sau o maimuta care arata un pic altfel decat aratam noi astazi, si il denumesc intr-un anumit fel. De parca astazi suntem toti trasi la xerox, nu ar exista si oameni cocosati, si oameni cu capul mare, si pitici, si uriasi si asa mai departe. 🙂
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Pai majoritatea genomului nu codeaza pentru proteine. Si daca iei ca exemplu cele 109 pseudogene olfactive, care sunt active la soarece dar inactive la om si cimpanzeu din cauza unor mutatii, o sa vezi ca 43 de gene care au pseudogenizat sunt aceleasi cu cele de la cimpanzeu. Probabilitatea de a explica asta in afara ipotezei stramosului comun este infima. La fel cu gena pt hemoglobina, pt citocromul c etc.
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Ai vazut vreodata vreun craniu de homo erectus. Stii in ce locuri din coloana geologica a fost gasit? Nu exista nicio ramasita de om modern in acelasi strat cu homo erectus.
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Pai poate mai are si alte roluri, nu doar sa codeze. Repet, numesti pseudogene niste chestii despre care nu stim prea multe. Sa-si curete Dawkins genomul de aceste pseudogene, si pe urma o sa credem toti ca-s pseudogene.
    Iar acolo unde exista similari…See More
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Iuliu, coloana geologica a fost descoperita de creationisti. George cuvier si louis agassiz in sec 19 au constatat ca exista o ordonare pe straturi de la simplu la complex. Ei sustineau creatia progresiva. Au fost mai multe creatii succesive urmate de extinctii in masa.
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Ba nu, este creatia lui Lyell. Care nu doar ca nu era creationist, dar chiar ura crestinismul ca mai toti evolutionistii de ieri si de azi. 🙂
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Iar creationistii urasc evidenta. Si atentie, faptul ca anumite pseudogene (putine) au totusi un rol regulator in genom, asta se datoreaza faptului ca au fost selectate pozitiv fiindca anumite mutatii pot opera schimbari folositoare in cadrul selectiei…See More
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard 😀
    Vai de capul nostru. S-au mai schimbat lucrurile de cand Collins a scris rebutul ala de carte. Intre timp genomul util a ajuns aproape la 90% spre disperarea evolutionistilor care schimba acum denumirea a ceea ce inseamna genom util pentru ca sunt inspaimantati de ideea ca mai mult de 10% din genom ar fi util. 🙂
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Ideea ca exista o conspiratie a tuturor savantilor la nivel mondial ca noi sa fim mintiti e o idee paranoica. E mult mai probabil ca un specialist in genetica precum collins sau craig venter sa aiba dreptate.
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Ia uite si spunea asta acum 6 ani. Asta vis a vis de afirmatia ta ca toti biologii ar fi evolutionisti :

    Francis Collins and Evolution
    YOUTUBE.COM
    Like · Reply · 6 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Ideea ca ar fi fost o conspiratie a tuturor oamenilor de stiinta impotriva lui Galileo e o idee paranoica. Si totusi s-a intamplat, oamenii de stiinta au fost si pot fi orbitii de paradigma in care isi desfasoara activitatea.
    Like · Reply · 6 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Iuliu, de ce nu s-a descoperit pana acum niciun mamifer in cambrian, sau mai jos de cambrian, sau in jurasic etc ?
    Like · Reply · 5 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Gresesti, sunt sute de specii de mamifere care s-au descoperit in acelasi strat cu dinozaurii dar nu ai aflat tu despre asta. 🙂
    https://en.wikipedia.org/wiki/Castorocauda
    Castorocauda – Wikipedia, the free encyclopedia
    Castorocauda is a genus of small, semi-aquatic mammal relatives living in the Jurassic period, around 164 million years ago, found in lakebed sediments of the Daohugou Beds of Inner Mongolia. It contains the single species Castorocauda lutrasimilis. They were highly specialized, with adaptations evo…
    EN.WIKIPEDIA.ORG
    Like · Reply · 5 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu De ce niciodata nu gasesti un mamifer sub un dinozaur ? Daca toate speciile au pierit la potop, ar trebui sa fie amestecate nu? Or nu gasesti unul, un singur mamifer macar in acelasi strat cu un dinozaur.
    Like · Reply · 5 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Gresesti sunt asemenea descoperiri, nu ai aflat tu despre ele. 🙂
    Like · Reply · 5 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Momentan nu mai pot continua discutia dar promit ca revin. Nu sunt interesat decat de adevar. Si m-as bucura sa gresesc. Promit ca revin.
    Like · Reply · 5 hrs
    Iuliu Guard
    Iuliu Guard Pai tocmai ti-am aratat o fosila a unui mamifer pe care evolutionistii o dateaza cam la 164 de milioane de ani. Inseamna ca a trait cu dinozaurii foarte foarte mult timp. 🙂
    Like · Reply · 5 hrs
    Andrei Voiculescu
    Andrei Voiculescu Ma refeream la mamifere moderne. Din astea exista ? Iepuri, maimute, elefanti ? Chestii d-astea.

  3. Edi Constantinescu,

    Dvs ce ati fi raspuns la afirmatia ca nu s-a dovedit ca pseudogenele sunt lipsite de rol ? Este ceea ce mi-a contra-argumentat interlocutorul meu.

  4. Interlocutorul meu mai spunea ca deja de atunci, din 2006 cand Collins a scris cartea, se descopera mereu tot mai multe functii ale asa-numitului junk dna si ca astazi se stie ca aproape 90% din genom ar fi functional. De ultima parte ma cam indoiesc, dar astept totusi o parere mai avizata.

  5. Ce e aia insertie retrovirala ? E un argument din ignoranta, oamenii gasesc o bucatica de ADN despre care cred ca nu are nici o intrebuintare si atunci spun ca ar fi vorba despre un „retrovirus”. O prostie mare cat China. Retrovirusul e o chestie pe care o folosesc pentru a-si ascunde ignoranta.

    https://en.wikipedia.org/wiki/Bacteria#DNA_transfer
    https://en.wikipedia.org/wiki/Transduction_(genetics)

  6. AV,

    Exista gene care nu codeaza proteina dar au un rol in reglarea expresiei ADN-ului si gene care au codat candva proteina dar au fost deteriorate, cum este exemplul cu sinteza viatminei C sau mirosul la primate. Este clar ca nu tot DNA-ul care nu codeaza este junk, asta insa nu exclude existenta genelor fara rol.

    Cat priveste conversatia cu tipul de pe facebook nu se poate ajunge nicaieri. Tipul este un „flathearther” care refuza tot ce nu intra in schema lui de gandire.

  7. AV,

    Aici este un articol care rezolva problema. ENCODE intelege prin „functional” faptul ca se poate reproduce (90% din ADN se reproduce altfel nu ar fi acolo), Oxford spune ca mai putin de 10% e functional in sensul ca nu are o functie in modelarea organismului si comportamentului. Cele doua nu se contrazic. Aici avem insa strategia ID de a scoate din context o afirmatie si a face sa para ca tot ADN-ul are un rol in modelarea organismului. ceea ce ENCODE nu a sustinut,

  8. Edi Constantinescu,

    La un moment dat am fost intrebat de un prieten cum se pot explica dpdv evolutionist genele orfane. Am cautat pe net si nu am gasit chestii certe. Ce se poate spune despre ele ?

  9. Din cate am vazut, wikipedia lasa lucrurile cam in doi peri

    Orphan genes (also called ORFans, especially in microbial literature)[1][2] are genes without homologues in other lineages.[2] Orphans are a subset of taxonomically-restricted genes (TRGs), which are unique to a specific taxonomic level (e.g. plant-specific).[3] In contrast to non-orphan TRGs, orphans are usually considered unique to a very narrow taxon, generally a species.

    The classic model of evolution is based on duplication, rearrangement, and mutation of genes with the idea of common descent.[4][5] Orphan genes differ in that they are lineage-specific with no known history of shared duplication and rearrangement outside of their specific species or clade.[6] Orphan genes may arise through a variety of mechanisms, such as horizontal gene transfer, duplication and rapid divergence, and de novo origination,[2] and may act at different rates in insects, primates, and plants.[7] Despite their relatively recent origin, orphan genes may encode functionally important proteins.[8][9]

  10. De fapt, cei de la ID folosesc argumentul orphan genes pentru a-si pleda cauza. Exista raspuns din punctul de vedere al TE la acest argument ?

  11. Nu inteleg cum OP sunt un argument pentru ID – altfel decat argumentul din ignoranta – care nu este un argument. Ai listat trei ipoteze valide cu privire la OP si ramane sa aflam care dintre ele este cea adevarata. Eu pariez pe transferul orizontal. Deocamdata nu avem o teorie, asa cum nu avem o teorie pentru originea virusilor – care la fel ca OP nu provin de la un stramos comun. Virusii ca argument pentru ID?

  12. The evolution of even a single protein-coding gene is astronomically unlikely. How do I know? Because even the evolutionists unrealistically optimistic estimates show a 27 order of magnitude shortfall.

    In primul rand, TE nu este abiogeneza. Nu avem inca o teorie satisfacatoare cu privire la biogeneza – asa cum nu avem cu privire la multe altele. Personal, ma indoiesc ca viata a aparut pe pamant, dar asta este doar o opinie. Cred ca vom descoperi viata unicelulara in sistemul solar in generatia noastra si asta va schimba f. mult perspectiva noastra. Ce mi se pare clar este ca viata pe pamant provine dintr-un singur stramos comun – aici dovezile sunt foarte puternice (nu si pentru ID/YEC).

    In alta ordine – exista un fallacy in felul in care ID/YEC se folosesc de teoria probabilitatilor (pe care o resping cand nu le convine, de ex. probabilitatea f. puternica a stramosului comun) care este similara cu socoteala lui Jobs ca exista doar 0000.1% sanse ca elo sa fie tatal ficei lui. Voi explica diferenta intre probabilitatea fizica si cea bayesiana in relatie cu evolutia.

  13. the Bayesian probabilist specifies some prior probability, which is then updated to a posterior probability in the light of new, relevant data (evidence)

    Asta este o fraza cheie pentru a intelege TE.

  14. Trecand la abiogeneza

    The evolution of even a single protein-coding gene is astronomically unlikely.

    Ceea ce modifica datele in probabilitatea bayesiana este surprinzatoarea abundenta de compusi pre-biotici descoperita de sondele spatiale in zona Jupiter – Saturn, si chiar in nebuloase (Orion), in masura in care putem face asta prin analiza spectrala, probabilitatea fosilelor de microbi in meteoriti martieni, sau structuri geologice pe Marte similare cu stromatolitele.

  15. Imi puteti explica ce anume inseamna transfer orizontal in cuvinte mai simple ? Multumesc.

  16. AV,

    Transferul orizontal la bacterii si procariote consta in aslimilarea fragmentelor de ADN de la alte organisme (de obicei distruse) pentru a-si imbogatii ADN-ul cu informatii noi in timp de criza. Asta este favorizat de structra lor simpla. De exemplu, adaptarera rapida la antibiotice nu se face in primul rand prin mutatii ci prin transfer orizontal. Meioza implica un mecansim similar de reparare sau evolutie a ADN-ului, de unde teza lui Mueller ca sexualitatea a fost favorizata in evolutie din cauza degradarii pogresive a ADN-ului.

    La organismele multicelulare, transferul orizontal se face in principal prin retrovirusi, din cat se stie deocamdata. Un retrovirul copiaza informatia de la o gazda si apoi o transmite la alta. Este posibil sa existe si alte metode de transfer orizontal mai putin studiate. Fapt este ca transferul orizontal joaca un rol mai mare in evolutie decat accepta neodarwinsimul ortodox. Aici sunt de acord cu Sonata, desi concluziile lui sunt diferite.

Lasă un răspuns:

Te rog autentifică-te folosind una dintre aceste metode pentru a publica un comentariu:

Logo WordPress.com

Comentezi folosind contul tău WordPress.com. Dezautentificare / Schimbă )

Poză Twitter

Comentezi folosind contul tău Twitter. Dezautentificare / Schimbă )

Fotografie Facebook

Comentezi folosind contul tău Facebook. Dezautentificare / Schimbă )

Fotografie Google+

Comentezi folosind contul tău Google+. Dezautentificare / Schimbă )

Conectare la %s

%d blogeri au apreciat asta: