Algebra evolutiei

Dupa emisiunea Ceasuri moleculare, Sonata mi-a reprosat lipsa de claritate si Adrian Voiculescu a remarcat ca exista inca intrebari la care nu s-a raspuns. Voi incerca mai intai sa fiu mai clar. Apoi vom merge mai departe impreuna, intrebantu-ne si cautand raspunsuri.

Exista doua feluri de modele stiintifice: logico-conceptuale si matematice. De exemplu, arborele filogenetic formulat de Darwin este un model logico-conceptual. Arborele filogenetic molecular este un model matematic.

Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).

Metoda consta in a alinia genomuri in secvente paralele si a construi matrici de distanta intre aceste secvente. Distanta intre doua secvente este data de numarul de substitutii in secventa originara. Pe baza matricilor de distanta si a ceasurilor moleculare se calculeaza toti arborii filogenetici posibili si este ales cel cu parsimonie maxima.

Sa alegem un exemplu simplu, pe care il vom rezolva manual. Avem mai jos trei secvente paralele de opt nucleotide, la gorila, om, si cimpanzeu.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Deja la prima vedere observam ca primele patru litere sunt comune la toate trei speciile, iar primele cinci la om si cimpanzeu. Plecam de la ipoteza ca secventele comune sunt mostenite de la stramosul comun. Pasul urmator este construirea matricii de distante.

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Avem deci patru substituii intre gorila si om, patru intre gorila si cimpamzeu, si doua intre om si cimpanzeu. Sarcina noastra este acum sa stabilim arborele filogenetic. Pentru aceasta, vom calcula euristic toti arborii filogenetici posibili si il vom alege pe cel cu parsimonie maxima.

Un arbore posibil ar fi acela ca Gorila, Cimpanzeul si Omul sunt trei crengi din acelasi nod, adica au evoluat in paralel dintr-un singur stramos comun. In aceasta ipoteza, fiecare secventa ar fi avut 4 mutatii, urmate de alte doua, una la om si alta la cimpanzeu. Asta implica 14 mutatii in total, adica numarul maxim posibil. Este parsimonia minima. O alta problema o constituie distanta de doua molecule intre om si cimpanzeu. Asta inseamna ca ceasul molecular ar fi mers cu o substitutie in plus la fiecare din cele doua fata de ceasul gorilei.

Sa consideram acum un alt scenariu. Gorila s-a despartit mai intai de linia stramosului comun al omului si al cimpanzeului prin doua substitutii. Stramosul comun om/cimp a suferit o substituie inainte de bifurcare, si apoi fiecare din cele doua specii a avut cate o substituie. Asta inseamna un numar de 5 mutatii si un ritm egal al ceasurilor moleculare pe parcursul procesului. Este drumul cu parsimonie maxima.

Vom determina deci arborele filogenetic cu doua noduri, primul la despartirea liniei gorilei de linia comuna, al doilea la bifurcarea omului si cimpanzeului. Lungimea crengilor in timp este direct proportionala cu numarul respectiv de substitutii moleculare.

Acum, o secventa de opt litere nu ar putea fi baza unei ipoteze. Este vorba insa de trei miliarde. Asta face ca probabilitatea sa depaseasca nivelul indoielii rezonabile. Pe de alta parte, analiza unei matrici atat de complexe nu se poate face manual, insa operatia este in principiu aceiasi.

Exista intrebari? Numele lor este legiune. Avem toate raspunsurile? Stiinta nu are niciodata toate raspunsurile. Adevarul este ca avem mai multe modele ale evolutiei moleculare la fel de valide. Acesta nu este insa un argument pentru scepticism intelectual. Intr-o zi vom avea raspunsuri la intrebarile prezente, dar raspunsurile vor da nastere la alte intrebari. Cunoasterea este o aventura, si aventurile nu sunt pentru cei care nu tolereaza incertitudini.

Vom explora in continuare certitudinile si incertitudinile evolutiei. Deocamdata am incercat doar sa fac mai clare cateva idei din prezentarea video.

Un altfel de baptist

In Capcana Vechiului Testament

Apocalipsa dupa Iacob Mincinosul

Come, Mister tally man, tally me banana

Ce frumos lucesc pe podium pantofii evanghelistului american.

Pe la inceputul anilor ‘90 ma aflam la o sesiune de intrebari si raspunsuri cu un mare, M-A-R-E evanghelist international, cand cineva l-a intrebat ce brand sunt pantofii pe care-i poarta. O intrebare bine pusa cuprinde jumatate din raspuns. Imaginati-l pe Ioan privind la picioarele murdare ale lui Isus si spunand: “nu sunt vrednic sa-i lustruiesc Gucci”. Prima jumatate a raspunsului este ca marele evanghelist nu are nimic in comun cu Evanghelia.

Atunci in ce consta misiunea evanghelistului? Este a doua jumatate a raspunsului.

Mai intai sa facem putina istorie.

Inainte de a fi numele unui chainstore de haine chic, termenul banana republic a fost folosit de muckrakers, jurnalistii care scurma in noroi (o specie pe cale de disparitie), cu referire la unele state din America Latina a caror economie se bazeaza pe exportul de fructe exotice si cafea. Anumiti oameni de afaceri au inteles ca este mai profitabil sa cumperi toata tara decat doar bananele si asa s-a nascut prima republica de banane. Pentru a transforma o tara intr-o republica de banane trebuie mai intai sa cumperi guvernul sau sa aranjezi o lovitura de stat cu ajutor militar si intelligence din US, pentru combaterea comunismului si “restabilirea democratiei”. Pasul urmator este implementarea unui proces drastic de privatizare a sectorului public, exproprierea fermierilor nativi si stabilirea unei enclave economice netaxabile sub capital strain. Institutiile statului, justitia si armata, lucreaza pentru gringos, dar taxele le plateste omul sarac. Modelul s-a extins la economii bazate pe minereuri, diamante, petrol si alte resurse naturale, din lumea a treia.

Exista insa o problema. Intr-o banana republic, puterea sta pe un scaun cu trei picioare: banii, armata si biserica. Ai pus mana pe primele doua, dar ce faci cu a treia, cand biserica a muscat din fructul oprit? Biserica Catolica din America Latina are multi scheleti in altar, dar vanzarea turmei nu este printre ei. Asadar, ce faci cand catolicii cocheteaza cu marxismul? Solutia sunt misionarii protestanti.

Probabil ca sunteti familiari cu experientele misionare traznitoare din America Latina. Se roaga omul pentru un avion, pac avionul. Se roaga pentru o statie TV, pac cecul de un milion. Am o singura intrebare: cum se face ca elitele latino-americane de religie catolica si in nici un caz entuziasti ai libertatii religioase, nu pun piedici in calea misionarilor protestanti, ci, dimpotriva, le acorda concursul? Raspunsul este ca pentru aceste elite locale, la fel ca si pentru partenerii lor transnationali care doneaza gras pentru “caritate”, “dezvoltare” si “educatie” in America Latina, misiunile protestante indeplinesc o functie vitala in re-educarea nativilor in spiritul eticii protestane (a se citi docilitate proletar-agrara) si, mai ales, in combaterea marxismului si a comunelor economice catolice inspirate din teologia eliberarii.

Aspectul care ne intereseaza aici este ca, in acest proces, evanghelicii si-au creat propriile republici de banane, nu numai in America latina, ci oriunde o economie in dezvoltare este reformata dupa modelul banana republic. Este vorba despre colonizarea bisericii locale care este transformata intr-o sucursala de rapoarte misionare spectaculoase. Scopul acestor rapoarte este sa arate celor de acasa ca exista o misiune mondiala vibranta si plina de succese, si sa justifice o naratiune eschatologica triumfalista si urgenta totodata. In cele din urma, este vorba despre profitul realizat prin sponsorizari si donatii.

Nu voi sustine aici ca Romania a devenit o banana republic (se poate argumenta), ci doar ca manifesta simptomele. Bananizarea evanghelismului este unul dintre ele.

Evanghelizare stil Potemkin

Dupa ce a incheiat potemkiada evanghelistica in Rwanda, Ted Wilson a venit in Romania sa monteze decorul pentru urmatorul super-show.

Presedintele Conferintei Generale ar fi trebuit sa mearga in Rwanda in 1993 si sa declare la radio: Sunt primul pastor al adventistilor si sunt tutsi. Am venit aici sa fiu ucis impreuna cu fratii mei. A venit in 2016 sa le vorbeasca despre dragostea lui Isus si sa le spuna ca toate problemele continentului-uitat-de- dumnezeu vor fi rezolvate prin raspandirea cartii The Great Hope (The Great Controversy corecta politic).

Intre timp, presedintele bisericii din Rwanda a fost condamnat pentru complicitate la genocid. Fiul sau, directorul spitalului adventist avand ca motto: Noi va tratam, Isus va vindeca, a tratat cativa tutsi cu gloante si Isus i-a vindecat de toate necazurile. Nu ca potemkiada ar fi ignorat genocidul. Fiul unui pastor adventist ai carui parinti au fost omorati de fii altui pastor adventist si nu a mai calcat de atunci in biserica, a performat pupat Piata Independentii in show. PK avea pana acum doua sensuri: preacher’s kid si player kill. In Rwanda a avut loc o contopire semantica.

TW ar fi salvat ultima farama de credibilitate a adventismului daca ar fi spus ca Nick Nolte in Rwanda Hotel: you should spit us in the face. You are not even a nigger – continua colonelul in film – you are dirt. Nigger sunt conferintele de negri din US de care trebuie sa tii cont la alegerile GC. Dirt sunt cele un milion de amalgamari tutsi (N.B. – noi nu credem in “out of Africa”) ucisi de amalagamarile hutu. Avand in vedere ca adventistii sunt 10% din populatia Rwandei, consideram ca numarul adventistilor ucisi a fost de aproximativ 100.000. Adica, numarul celor botezati in campania Wilson. O gaura in noroi a fost astupata. Presedintele drege sparturi.

Imi amintesc de un dialog din Huckleberry Finn. Cand Hick isi justifica intarzierea motivand ca a explodat un cazan pe vasul cu zbaturi, femeia din Sud intreaba daca au fost victime. “Nu” – raspunde Huck – “doar un nigger”. “Praise de Lord – raspunde femeia – “uneori se intampla sa moara si oameni”. Praise the Lord ca fratele alb a stiut cand sa plece din Rwanda. Daca v-am convins sa vedeti Rwanda Hotel, va amintesc scena cu femeia blonda cu catelul in brate, in busul cu aer conditionat, parasind hotelul sub privirile desperate ale celor-ce-vor-fi-ucisi. Asa a plecat si echipa lui Wilson dupa ce a terminat showul. Africa ramane in mila domnului. Urmeaza Romania.

“Vre-o problema cu romanii” – intreaba presedintele. “No sir, numai ca nu au aer conditionat si nu prea folosesc sprayuri. I mean, they have a bad odor, especially when the church is overcrowded”. “No problem” raspunde presedintele ingaduitor. Iubirea acopera toate lucrurile.

Ceasuri moleculare

Noul Ateism are „adevarul prezent” despre atentatul din Orlando

Raspunzand la comentariul presedintelui Obama in urma asasinarii jurnalistului James Foley de catre un jihadist britanic: “ISIL nu vorbeste in numele unei religii… nici o credinta nu te invata sa omori oameni nevinovati”, Sam Harris a raspuns ca apostatii, blasfematorii si politeistii nu sunt “nevinovati” pentru credinciosul musulman.

Spune Harris:

Vorbind ca un ateu, ma întreb când va fi distrusa in sfarsit această cortina a prefăcătoriei și iluziei, fie prin lumina clară a rațiunii, fie printr-un exces de oroare aplicat celor nevinovati de catre partida lui Dumnezeu. Ce vom vedea mai intai, mașini zburătoare și vacanțe pe Marte, sau simpla acceptatre a faptului ca credinta directioneaza comportamentul, și că anumite idei religioase – Jihad, martiriu, blasfemie, apostazie – conduc in mod fiabil la opresie și crimă?

Vorbind ca un teist, ma intreb cand voi auzi de la amvoanele bisericii mele sau ale altor biserici un mesaj la fel de clar ca al Noului Ateism. Ca adept al democratiei liberale, ma intreb cand voi auzii de la conducatorii Apusului altceva decat zgomot alb? Ca nostalgic al Secolului Luminilor, ma intreb cand se va intoarce ratiunea in academie (sau invers). Sam Harris, Richard Dawkins, Ayan Hirsi Ali si, (odihneasca-se de faptele lui, caci faptele lui il urmeaza), neuitabilul Hitchens, au in comun credinta ca binele si raul, adevarul si minciuna, sunt despartite de hotare inteligibile. Liberalii relativizeaza aceste hotare in raport cu tribul si cultura. Conservatorii religiosi le relativizeaza in relatie cu litera Bibliei sau dogma.

Marin Preda spunea ca exista timpuri cand istoria delireaza. Jihadul nu este singurul delir al zilelor noastre. Redau mai jos cateva exemple de delir post Orlando shooting.

Dumnezeu ne pedepseste pentru GLBT (crestin conservator). Sa le povestim musulmanilor desre iubirea lui Isus (crestin liberal). Istoria ne pedepseste pentru imperialism ( leftard). Nici crestinii nu sunt ma buni (leftard). Mai multe bombe peste Siria (maresal de Facebook). Avem nevoie de mai multa securitate (politician). Vinovatul este NRA (leftard). Ar trebuii sa sa avem dreptul sa purtam arme in cluburi de noapte (fan NRA). Sa intelegem metafizica terorii (intelectual roman cu artere ingrosate). Isus revine in 2016 (Flavius Pana).

Am o singura intrebare: daca cineva din familie delireza si singurul medic din sat este ateu, apelati la medicul ateu sau la matusa credincioasa care puna ventuze?

Dupa incidentul similar din Paris, cineva spunea ca Dumnezeu pedepseste Franta pentru cultul ratiunii. Eu cred ca pacatul pentru care suntem pedepsiti este apostazia de la domnia ratiunii. Cu parere de rau iubiti frati & stimate surosi, respectabili colegi de breasla, prealuminati teologi, nu vreau sa va contrazic atunci cand pretindeti ca aveti “tot adevarul”. Permiteti-mi sa spun doar ca Noul Ateism reprezinta “adevarul prezent” pentru momentul istoric.

Despre inteligenta materiei sau zigotul care nu e prost

Spune Sonata:

Organismul nu este o masina. El nu este inzestrat cu un set fix de “conditii initiale” pe baza carora apoi va functiona. Un organism viu este un sistem dinamic in continua schimbare, capabil de a-si modifica parametrii de functionare de la un moment la altul, creand el insusi “conditii noi”, adica are capacitatea de auto-reconfigurare si auto-expresie care nu depinde de un set initial de factori. Aceasta munca de auto-design este o activitate inseparabila de insasi viata organismului, este insasi exprimarea vietii si nu doar o cauza a ei. Este posibil ca aceasta calitate de auto-determinare o organismului sa fie intr-un fel cuprinsa si codata doar in moleculele de ADN si ARN asa cum a crezut Francis Crick? Biologia sistemelor propune ca “dogma centrala a biologiei” exprimata de Crick, desi are valoarea ei in intelegerea modului in care informatia se transmite in genom, este astazi depasita sau mai bine zis complementata de realizarea faptului ca intr-un sistem organic informatia calatoreste in toate sensurile.

Daca citind paragraful de mai sus nu ati trait un sentiment de deja vue va invit sa cititi articolul meu Pastorul si Comisarul. Voi repeta pe scurt ideile. In 1935 URSS a respins oficial sinteza moderna ca pe o “stiinta burgheza” promovata de crescatorii de muste din America. Modelul propus de Trofim Lysnco, supranumit “savantul descult”, are la baza rastalmacirea experimentelor lui Ivan Vladimirovich Michurin, pionerul ingineriei genetice a culturilor de plante. Lenin a inteles geniul lui Miciurin si i-a ordonat lui Kalinin sa ia legatura cu el pentru organizarea unui proiect agronomic la scara nationala. Cel care si-a propus sa continue proiectul miciurinist a fost un pioner sovietic al sintezei moderne numit Nikolai Vavilov. Vavilov a facut primele studii genetice cu privire la originea plantelor cultivate si a dezvoltat miciurinismul pe baza neodarwiniana.

Insa chiar in anul mortii lui Miciurin, Lysenco a castigat increderea lui Stalin cu teza ca stiinta trebuie privita prin prisma luptei de clasa. Savantul descult si-a demonstrat ortodoxia citand antropogeneza lamarckiana a lui Engels din eseul sau “Rolul muncii in transformarea omului din maimuta”, care a stat si la baza lozincii comuniste ‘munca l-a creat pe om”. Biologia materialist-dialectica este exprimata intr-o fraza a lui Lysemco “zigotul nu e prost sa asculte de legile burghze”. Legile burgheze sunt unu set de instructiuni asupra carora actioneaza selectia naturala dupa principii comune cu cele ale economiei de piata. Lysenco vede aici o ideologie care sanctioneaza inegalitatile inascute si competitia capitalista. Neodarwinismul este, in viziunea lui, incercarea de a oferi o aparenta stiintifica acestei ideologii. Materialismul dialectic ne invata ca organismele vii poseda o capacitate inascuta de a se adapta la mediu, care afecteaza genomul si se transmite la generatiile urmatoare.

Potentialul revolutionar al genomului este baza revolutiei stiintifice in agricultura. Lysenco sustinea ca daca semintele de grau si secara sunt expuse la apa rece inainte de insamantare, vor pute fi cultivate eficient in nordul Rusiei. Stiinta sovietica merge pana acolo incat promite portocale in Siberia. Pe plan social, fabrica si gulagul devin laboratoare ale omului nou.

Restul este istorie. Proiectul agronomic a costat milioane de vieti. Omul nou a fost un fiasco. Bineinteles, protejatul lui Stalin nu putea gresi. De vina era Vavilov care introdusese stiinta burgheza in URSS cu scopul de a sabota agricultura socialista. Savantul sovietic a fot supus unui proces stalinist si condamnat la moarte. Pedeapsa i-a fost comutata la reeducare in Gulag unde a murit de foame lucrand la un proiect stiintific.

Este ironic modul in care proiectul Intelligent Design repeta istoria. Ideea stiintei neutre ideologic este respinsa. Lupta de clasa este inlocuita cu “marea lupta”. Credinciosul care accepta evolutia naturala este un infitrat. Evolutia naturala este un concept filozofic ateist. Genomul “‘nu este prost”, nu se supune legilor biologiei naturaliste ci se adapteaza la mediu in virtutea unei inteligente inerente organismului viu. Cand dreapta crestina va castiga puterea, stiinta medicala se va lepada de neodarwinism si va fi practicata pe baza ID. Genocidul lysencoist ar pali in fata realizarilor imunologiei si epidemiologiei crestine. Doamne fereste.

Este Steve Jobs tatal fiicei lui?

Atunci cand un test ADN a rezultat in probabiltatea de 94,1% ca Steven Jobs sa fie tatal biologic al Lisei Brennan, acesta a obiectat ca 28% din populatia de barbati a Statelor Unite aveau acelasi procent de probabilitate sa fie parintii fetitei.

Unde este greseala in argumentul lui Jobs? Sa ne imaginam ca Lisa a fost abandonata intr-o parcare. Pe baza secventelor de nucleotide pe care le au in comun, Jobs este identificat ca parintele probabil. Dar Jobs fiind Jobs, analizeaza distributia acelorasi secvente in toata populatia de barbati din US. Rezultatul este ca 28% dintre ei le au in comun. US avea o populatie de 222. 6 milioane cand s-a nascut Lisa, dintre care probabil cam 80 milioane barbati adulti. Probabilitatea ca Jobs sa fie unul dintre ei ar fi fost de 0.0000000125.

Numai ca Lisa nu a fost gasita in parcare. Lisa s-a nascut intr-o comuna hippi in Portland, Oregon, unde un cuplu de hippi, Steve Jobs si Chrisann Brennan, care incidental este si mama Lisei, traiau impreuna de cativa ani. Jobs ignora aceste aspecte ca simple contingente si se concentreaza asupra a ceea ce el considera caracterul defectos al analizei bio-moleculare. Dar tocmai aceste contingente valideaza cele 94,1 % procente, chiar daca exista alte 80 milioane variabile in distributia stochastica a probabilitatii.

Exemplul lui Jobs ne ajuta sa intelegem o eroare fundamentala in argumentul complexitatii ireductibile. Miscarea ID gaseste argumentele biologiei moleculare insuficient de convingatoare si arata la ceea ce ei gasesc a fi probabilitatea infinitezimala a dezvoltarii unui sistem complex prin mutatii repetate. Insa bioinformatica evolutionara nu este baza definirii evenimentelor majore in istoria vietii sau a cladelor in arborele filogenetic. Acestea au fost deja stabilite din raportul fosilelor si anatomia comparata. Datele moleculare aseaza doar probabilitatea acestor evenimente si relatii filogenetice dincolo de indoiala rezonabila.

Sonata pare sa cada in aceiasi capcana atunci cand defineste viata ca pe un sistem informational inchis. Informatia joaca aici rolul Ideii la Platon sau a Esentei la Aristotel. O astfel de filozofie va ignora descoperirea unei fosile intermediare, sau a unei serii de substitutii comune in doua genomuri bifurcate din acelasi nod filogenetic, ca simple contingente. Insa evolutia nu este altceva decat o serie de contingente care sfideaza orice predictie. De aproape patru miliarde de ani fluviul vietii curge in aceiasi directie fara alta lege decat cea a apei care isi gaseste todeauna o cale. De aproape doua secole navigam acest fluviu spre izvoarele lui eluzive, cartografiem albia si indexam epavele de pe maluri. Biologia moleculara este doar prima imersiune de scafandru spre fundul apei.

O alta tema majora in articolul sau este caracterul reductionist al biologiei moleculare. O sa ma intorc la cazul paternitatii lui Jobs, cu riscul de a va plictisi. Relatia lui cu Lisa este sarea si piperul in filmul care-i poarta numele, mergand de la melodrama la psihanaliza, pentru toate gusturile. Care este rolul biologiei moleculare? Raspunsul este simplu: a oferit proba finala a paternitatii lui Job, fara care nu aveam drama. Insa drama ca atare este subiectul filmului nu al analizei moleculare. O abordare determinist-genetica a vietii lui Jobs ar fi intr-adevar reductionista. Insa chiar daca cineva ar sustine ca Apple a fost pre-programat in ADN-ul lui Jobs, nu ar face biologie moleculara ci filozofie.

Atunci care este problema? Problema este ca pana la procesul din Dover acuzatia cea mai populara impotriva Teoriei Evolutiei a fost aceea ca TE nu este stiinta ci filosofie. Reprezentantii ideii Intelligent Design au adus aceasta teza in fata justitiei, sustinand in acelasi timp ca ID este motivat exclusiv de interes pentru stiinta (pauza pentru ras). Verdictul a fost exact invers. Evolutiei i s-a confirmat locul in clasa de biologie, in timp ce ID a fost limitat la clasa de filozofie.

ID si-a schimbat retorica dupa procesul din Dover. Problema cu TE nu mai este filozofia ci absenta ei. Acum ID vrea sa intre in clasa de biologie, nu ca stiinta, ci ca philosophia regina scientiarum ( si probabil ancilla theologiae), ca sa ne protejeze de reductionismul si materialismul stiintei fara metafizica. Un scop plin de bune intentii pe care l-au avut si inchizitorii lui Galileo.