In lieu of flowers
4 iulie 2016 13 comentarii
Se pare că Edi ȋși lustruiește pistolul și vizitează florării adulmecȃnd o victorie iluzorie. Părerea mea este ca ar face mai bine să-și verifice muniţia pentru că deocamdată folosește cartușe oarbe. Acum o luna si jumatate i-am facut o vizita la Chicago si am avut prima noastra confruntare in fata camerei de filmat. In final, dupa mai bine de o ora de ostilitati, obosit, transpirat, exasperat, a sugerat ca “discutia nu a fost destul de bine structurata” pentru a fi publicata. L-am asigurat ca nu ma deranjeaza nici nepublicarea si nici publicarea filmarii si ca ii stau la dispozitie oricand doreste sa reluam discutia, dar numai daca vom avea si un moderator.
Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns. “Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”. Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???” Momentul a fost si funny si penibil in acelas timp. Stateam de vorba cu cineva care promisese ca va demonstra de ce “biologia moleculara computationala este cea mai puternica dovada in favoarea evolutiei”, dar era clar ca amicul nostru nu si-a facut mai deloc temele. Cele doua prezentari in tandem, “Ceasurile moleculare” si “Algebra evolutiei” nu au fost decat un ghiveci de ambiguitati, Edi fiind “un maestru al echivocatiilor”, asa cum a fost caracterizat de un alt amic al nostru de blog. Deci nu lipsa de claritate am acuzat-o, ci abundenta de confuzii si ambiguitati. Examinez mai jos cateva fraze si redau minutul in care apar.
0:40 “Din punctul meu de vedere asta este cel mai puternic argument si se pare ca asta este si opinia oamenilor de stiinta”.
Dupa ce ne asigura ca este doar un amator care incearca sa inteleaga lucrurile cu mintea sa, Edi sugereaza ca punctul sau de vedere este si al oamenilor de stiinta. Nu cunosc nici un om de stiinta care sa fi afirmat ca biologia moleculara computationala (caci despre asta era vorba, nu-i asa?) este cea mai buna dovada. Asadar, Edi este rugat sa citeze pe acei oameni de stiinta, ce anume au spus si unde.
1:30 “Principiul parcimoniei” … “evolutia face economie de evenimente evolutionare, de mutatii”.
2:03 “evolutia isi cauta drumul cel mai scurt, in sensul ca drumul cel mai scurt implica cele mai putine mutatii”
Acestea sunt echivocatiuni marca EdiConst. Dupa ce ani de zile si-a spalat publicul pe creier ca evolutia lucreza pe distanta a milioane si milioane de ani prin mutatii mici care se acumuleaza si produc modificari la nivel macroevolutionar (conceptie darwinista prin excelenta), Edi realizeaza ca selectia naturala nu poate produce nimic si, pe nebagare de seama, pregateste calea pentru ceea ce i se pare o revelatie de ultima ora, “mutatiile neutre”, pe care, de fapt, nu le intelege (voi reveni). “Evolutia” nu-si cauta nimic pentru ca nu este o entitate sentienta.
11:58 “evolutia convergenta la vulturul plesuv USA/Europa, mutatii diferite dau acelas fenotip datorita adaptarii la mediu”.
Aici apare din nou elucubratia numita “evolutie convergenta” (despre care am mai vorbit), un termen gol fara nici o explicatie stiintifica, precum si confuzia de genul “cine a fost mai intai, oul sau gaina?”. Deci ce a fost mai intai? Mutatiile diferite care dau acelas fenotip? Sau adaptarea la mediu creeaza acelas fenotip? Si de ce nu ar fi lasate aceste specii sa fie pur si simplu specii diferite fara sa invocam “evolutia convergenta”? Obsesia compararii genomurilor si incercarea de a stabili fortat niste arbori filogenetici moleculari este urmarea prea multei importante acordate modelului reductionist. Voi reveni.
12:28 “principiul parcimonei – nu credem ca o mutatie apare de doua ori”.
Ce rol are credinta la un evolutionist materialist? Desigur ca sunt mutatii care apar de mai multe ori, doar ca nu sunt din acelea aleatorii care sunt invocate de neodarwinisti, ci sunt mutatii non-aleatorii care sunt parte a proceselor fundamentale caracteristice celulei vii. Voi reveni.
13:16 “era clasica a sintezei moderne: trei tipuri de mutatii…Negative (13:30) sunt eliminate, nu le putem vedea…13:48 ele au disparut… 13:58 mutatii neutre … foarte putine …14:06 majoritatea mutatiilor care s-au pastrat sunt favorabile … cele mai multe gene ale noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii …
Sunt tot felul de probleme cu aceste afirmatii. Mutatiile trebuie discutate pe larg si intelese mai bine, ceea ce voi face mai tarziu. Toate mutatiile sunt negative din punct de vedere al informatiei, adica ele duc la o degradare a informatiei. Chiar si in cazurile cand apar mutatii adaptive (observate in experimentele de laborator), adaptarea s-a facut prin reducere de informatie sau functie. NU, nu s-au eliminat mutatiile negative (decat daca au fost extrem de severe incat au dus la extinctie rapida), un exemplu fiind Down Syndrome unde o mutatie de copiere partiala sau totala a cromozomului 21 duce la un numar de trei cromozomi in loc de doi, ceea ce provoaca mari probleme de sanatate. NU exista mutatii pozitive din punct de vedere al informatiei, adica nici un experiment nu a demonstrat aparitia de informatie noua, functionala si neexistenta pana atunci in genom. Ideea ca genele noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii este doar o poveste fara nici o validare empirica.
16:36 “majoritatea mutatiilor sunt neutre”
Sunt multe de spus despre teoria neutrala a lui Kimura (1968), pe care el insusi o numeste o “ipoteza”. Ceea ce Kimura a teoretizat este ca majoritatea mutatiilor au un efect atat de mic asupra fenotipului incat pot fi considerate “neutre”. Ele sunt imperceptibile selectiei naturale (si asa este, selectia naturala nu actioneaza niciodata la nivelul nucleotidelor), ceea ce face ca ele sa nu fie eliminate de selectia naturala, ci sa se fixeze in populatie prin drift genetic, care este un proces aleatoriu. Ipoteza lui este o teoretizare, o reactie la dilema lui Haldane, despre care voi vorbi mai tarziu. Tomoko Ohta (1972) vine cu ipoteza mutatiilor “aproape neutre” (near-neutrals) care, spre deosebire de Kimura care sugereaza ca rata mutatiilor este constanta indiferent de marimea populatiei, propune ca numarul de indivizi ai unei populatii are o influenta semnificativa asupra proceselor evolutive moleculare. Problema principala cu ipoteza mutatiilor neutre sau aproape neutre este ca in timp ce se sugereaza ca aceste mutatii nu genereaza modificari la nivelul fenotipului, macroevolutia presupune exact modificarea fenotipului. Cine o produce?
20:45 “stim cand, unde … oamenii s-au despartit … pe baza ADN-ului, arheologia este doar o confirmare”.
Nu. Pretindem doar ca “stim cand, unde, etc.” si asta s-a facut exact pe baza arheologiei si paleontologiei, inainte de dezvoltarea biologiei moleculare. “Confirmarea” este urmarea calibrarii ceasurilor moleculare dupa fosile, fara de care ceasurile moleculare nu au relevanta.
21:00 “o descoperire foarte importanta legata de mutatiile neutre: ceasuri moleculare, mutatiile neutre au loc intr-un ritm constant in toata istoria vietii”.
21:45 “un cas care ticaie constant in toata istoria vietii, de la bacterie la om … rata mutatiilor neutre este constanta”.
Nu. Mai intai, rata mutatiilor nu este constanta “de la bacterie la om” ci rata mutatiilor variaza de la o specie la alta, ba chiar variaza de la o portiune a ADN-ului la alta, si variatia depinde de o serie de factori: numarul membrilor unei populatii, varsta medie a unei generatii, conditiile de mediu, zona din ADN unde au loc mutatiile, daca este din cea care codeaza, sau nu, radiatia, agentii chimici, etc. Apoi, ipoteza “ceasurilor moleculare” a fost formulata de Emile Zuckerkandl si Linus Pauling in 1962 ca un mod de interpretare a asemanarilor si diferentelor dintre doua genomuri in ce priveste succesiunea alelelor, asumand o rata constanta a mutatiilor. Intentia lor nu a fost sa sprijine neutralismul propus de Kimura mai tarziu, in 1968, ci a fost sa sprijine evolutia asa cum era inteleasa de “clasici” ca Mayr si Simpson, adica sa evidentieze rolul selectiei naturale la nivel molecular. Zuckerkandl si Pauling au crezut ca aminoacizii sunt constransi, determinati, de o serie de factori care se manifesta constant in timp.
23:27 “faptul ca cele mai multe mutatii sunt neutre este o explicatie a diversitatii vietii”.
Repet, mutatiile “neutre” sunt de fapt mutatii negative “near-neutrals”. Oricate mutatii “near-neutrals” s-ar acumula in genom, ele nu pot duce decat la o degradare din ce in ce mai mare a genomului si in nici un caz la “diversitatea vietii”, diversitate care implica aparitia de informatie noua, functionala, capabila sa genereze noi aminoacizi, noi proteine, noi functii, noi organe, noi organisme. Edi doar preia echivocatia din ipoteza lui Kimura ca rata mutatiilor este egala cu rata fixarii lor in genom, singura ipoteza care ar fi ocolit problemele semnalate de Haldane, unde selectia naturala nu este capabila sa fixeze un numar prea mare de mutatii per generatie datorita costurilor implicate, iar despre costurile selectiei sunt multe de spus. Voi reveni.
26:10 “cele mai multe mutatii neutre sunt substitutii, se schimba o litera, se schimba aminoacidul, se schimba fenotipul”.
Nu. Aici este echivocatiune. Kimura, Ohna, Ohta, sugereaza ca aceste mutatii nu schimba secventa aminoacizilor care compun proteinele, deci nu se schimba proteinele, si de aici rezulta ca nu se schimba fenotipul. Daca mutatiile ar fi grav negative si nu “aproape neutre”, ele ar afecta secventa aminoacizilor incat asta ar afecta forma si functia proteinelor, ceea ce ar afecta serios homeostaza si perpetuarea organismului. Este doar o speranta desarta ca “mutatiile neutre” pot duce la diversificarea vietii, cand ele nu fac altceva decat sa afecteze claritatea informatiei din ADN. Despre mutatii vom mai vorbi.
27:33 “privind in genom observam ca au fost si mutatii pozitive… s-au raspandit foarte repede”.
Din nou, trebuie sa facem distinctie intre “pozitiv” ca fiind egal cu “binefacator” (am mai spus ca binefacatoare pot fi si mutatiile usor negative in anumite conditii cand este nevoie de adaptare), dar “pozitive” in sensul de adaugare de informatie noua si functionala in ADN, asa ceva nu s-a observat in nici un experiment de laborator.
28:28 “ comparam genomuri .. unele sunt mai apropiate… provin din stramos comun”.
Asta este o concluzie pe care o tragi doar daca esti un evolutionist materialist care nu are si nici nu concepe o alternativa a complexitatii vietii, ci doar hazardul.
33:33 “ gene care s-au raspandit mai repede … mutatii pozitive supuse unei presiuni selective”.
Este o eroare de conceptie, o poveste fara acoperire faptica. Nu exista mutatii pozitive si nu exista o presiune selectiva (pozitiva) a genelor. Selectia nu actioneaza la nivelul genei, ci doar, si cel mult, la nivelul individului cu rol purificator, deci de eliminare a mutatiilor grav-negative care duc la extinctie.
35:52 “ ceasurile moleculare confirma datarile radiometrice si analiza statistica a genomurilor dupa principiul parcimoniei, confirma arborele vietii”.
Nu. Ceasurile moleculare nici macar nu functioneaza decat daca sunt calibrate dupa fosile, ceea ce este o cu totul alta problema. Ele nu confirma arborele vietii, ci sunt folosite pentru a se sugera arbori ai vietii pe baza moleculara, care adesea difera de arbori ai vietii bazati pe comparatii morfologice.
36:10 “sonata a venit cu o idee, ca biologia moleculara falsifica paleontologia; dimpotriva, paleontologia este folosita ca un ghid”.
Ceea ce am spus este ca datarile bazate pe ceasul molecular nu sunt definitorii si adesea contrazic datarile din paleontologie, iar aceste probleme au fost semnalate de insasi evolutionisti ca Francisco Ayala, Lindell Bromham, Megan Woolfit, Simon Y. W. Ho, si altii. Cum explica Edi explozia Cambriana prin conceptul ceasurilor moleculare, acesta fiind doar unul din exemplele de explozie radiala?
In eseul “Algebra evolutiei” Edi spune:
“Arborele filogenetic molecular este un model matematic. Acest model are la baza patru axiome:
1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).”
Cine altul decat Edi a stabilit ca avem de-a face aici cu “axiome”? Si daca dansul le numeste “axiome” inseamna ca sunt cu adevarat? Eu le vad ca niste ipoteze invalide.
- Majoritatea mutatiilor sunt negative si aproape-neutre. Ele se fixeaza in populatii prin drift genetic, dar asta nu duce la cresterea diversitatii, care implica informatie noua, functionala, integrata cu restul informatiei din genom, ci duce la o tulburare a informatiei, o denaturare treptata si nociva.
- Cea mai comuna mutatie nu este substitutia unei nucleotide, care este o mutatie negativa cu o rata medie de 1 X 10-8 , ci transferul pe orizontala, care nu este aleatoriu ci se afla sub controlul diferitelor module de control si reglaj prezente in genom si in alte sub-organe ale celulei vii (per Shapiro).
- Rata substitutiei nu este constanta in istoria vietii. “Ceasul molecular” este o metafora asemenea celei de “raport fosil”. Asa cum fosilele nu dau nici un raport, ci termenul reprezinta modul in care niste fapte statice (fosilele) sunt interpretate, tot asa “ceasurile moleculare” reprezinta modul in care alte fapte statice (succesiunea nucleotidelor intr-un genom) sunt interpretate de oamenii de stiinta. “Ceasul” nu are sens decat daca este calibrat dupa fosile.
- Evolutia nu are cum sa cunoasca “principiul parsimoniei”. Viata este orice altceva decat un rezultat al parsimoniei, este de o complexitate inimaginabila din care cunoastem inca foarte putin.
In concluzie, parerea mea umila este ca Edi este in deriva intelectuala in ce priveste evolutia si biologia in general. Ani de zile a facut publicitate darwinismului si selectiei naturale (nu de mult inca batea moneda pe selectia naturala cu barza si broasca), iar acum Edi ia in brate neutralismul lui Kimura, care merge in directie opusa darwinismului si subliniaza ca selectia naturala nu joaca aproape nici un rol in evolutie. Se pare ca Edi nu intelege ca Kimura a emis ipoteza sa ca o reactie la dilema lui Haldane, si ca asemenea lui Fisher, Wright si Haldane, el a incercat sa rezolve inadvertentele prezente in modelele anterioare propuse de sinteza moderna. Adevarul este ca modelele acestor pionieri ai geneticii populatiilor au pornit de la premisa falsa ca genele si nucleotidele sunt unitati care se mostenesc independent si care pot fi selectate independent, fie pozitiv sau negativ, pe cand realitatea este ca niciodata nucleotidele nu sunt independente una de alta, ci formeaza grupuri sau ciorchini care contin intre 10000 si 1000000 nucleotide (Shapiro le numeste “insule moleculare”) si acestea se mostenesc impreuna, fara a fi vreodata rupte in bucati. Consider acest articol doar o paranteza. In editorialele viitore voi continua pe tema “Viata, ca informatie”, chiar daca pistolul meu bate la “foc-cu-foc” pe cand al lui Edi este “semi-automat”. Unii dintre noi mai trebuie sa si munceasca si nu au timp de vizite la florarii…
Comentarii recente