Europa: topless dar fara pistol si steag rosu

Ce are statul Islamic cu ziua Bastiliei? Legatura este mai adanca decat apare la prima vedere. Existenta statelor islamice (ISIL nu este singurul) este rezultatul unei ideologii anglo-saxone care s-a nascut ca reactie la caderea Bastiliei. Mai mult, miscarea wahabista s-a nascut ca un instrument al aliantei anglo-otomane impotriva expeditiei lui Napoleon in Egipt.

Edmund Burke a pus bazele conservatorismului anglo-saxon in critica pe care a facut-o revolutiei franceze. Asa cum ne asteptam de la un aristocrat, Burke contesta notiunea rearanjarii carteziene a societatii. Traditiile si structurile de putere mostenite de la stramosi contin intelepciunea acumulata a multor generatii. Schimbarea lor poate duce la consecinte imprevizibile, ca domnia terorii in Franta. Societatile se dezvolta organic din institutiile si cutumele trecutului.

De partea continentala a disputei, Hegel si Marx au sustinut notiunea ca societatea evolueaza in salturi cuantice numite revolutii. Asemenea salturi pot fi uneori periculoase, la fel ca ale unui acrobat de circ, dar momentele de ratacire nu anuleaza legile progresului social.

Cele doua vederi reflecta istorii diferite. Common Law a crescut organic prin predcedente judiciare si reforme parlamentare, in timp ce Codul lui Napoleon s-a nascut din Revolutie si a fost dus cu sabia in Europa.

In conformitate cu aceasta filozofie, Imperiul Britanic a refuzat sa implementeze reforme radicale in India si in Arabia. Britanicii au condus India prin sultani si au orchestrat infiintarea statelor islamice din orientul mijlociu si indepartat. Pakistanul si Bangladejul au fost initial proiectate sa fie un singur stat islamic care sa prinda India lui Ghandi ca intr-un cleste. Orice revolutie seculara a fost privita cu suspicine burkeana dublata de paranoia razboiului rece.

Neoconservatorismul american este o struto-camila intre Hegel si Burke. De la Hegel au luat bonapartismul. De la Burke, notiunea ca Islamul poate fi un instrument in democratizarea si modernizarea orientului mijlociu. Vanzarea primaverii arabe reflecta teama burkeana de revolutie seculara.

Conservatori americani, ca Pat Buchanan sau George Will, au criticat viziunea hegeliana a neoconilor de pe pozitia lui Burke. Ceea ce lipseste este critica lui Burke de pe pozitia lui Hegel. In mod ironic, stanga nu a gasit alt argument impotriva aventurilor interventioniste din Irak, Libia si Siria decat cliseul reduntant al imperialismului apusean distrugand culturi inocente care nu vor altceva decat sa traiasca in pace cu restul lumii. Adica tot Burke.

Atacul islamic de ziua Bastiliei este un simbol tragic. Revolutia s-a autodezarmat atunci cand a acceptat dogma neo-burkeana a multiculturalismului si scepticismului fata de cartezianismul politic. Tabloul femeii topless cu un steag rosu intr-o mana si un pistol in cealalta a fost retusat. Topless a ramas, dar steagul si armele au disparut. Mai precis, le-a luat femeia cu hijab.

Darwin, Binele, si Raul

Primul Adam

Necunoscute in algebra evolutiei

Sa ne intoarcem la secventele paralele Gorila – Om – Cimp pe care le-am analizat. Vom spune ca cele trei specii sunt frunze pe clada primate.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Am gasit distantele moleculare:

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Apoi am calculat drumul cel mai scurt. Gorila 2 + stramosul comun Om & Cimp 1 + OM 1 + Cimp 1 = 5.

Ce probleme ridica acest model?

  1. Prima problema este ca dificultatea operatiei creste exponential cu numarul de frunze. Puterea computerelor e limitata si arborele vietii este prea stufos.
  2. A doua problema este ca distanta observata este probabil mai mica decat distanta reala. De exemplu de unde stim ca T – ultima substitutie in secventa Om nu a fost mai intai C apoi T? De unde stim ca nu a avut loc o dubla substitutie? Cum calculam distanta reala (parental distance)? N.B. Diferenta intre om si cimpanzeu este prezentata uneori in valori diferite. Diferenta este intre distanta observata si distanta parentala dedusa.

  3. Cum putem calcula numarul de substitutii care a avut loc in istoria unei clade? Avem versiunea finala a textului dar nu avem ciornele.

  4. Au toate nucleotidele aceiasi rata de mutatii?

  5. Mutatiile conteaza numai la gameti. De aceea ceasurile moleculare par sa mearga mai repede la speciile cu viata mai scurta si rata de reproducere mai mare. Cum potrivim ceasurile in istoria vietii?

  6. Au existat in istoria vietii perioade cand ceasurile moleculare au mers mai repede? De exemplu in explozia din Cambrian?

  7. Care este relatia intre filogeneza moleculara si raportul fosilelor?

  8. Se poate experimenta macroevolutia in laborator (spoiler: Da).

Acestea sunt necunoscutele pe care vom cauta sa le rezolvam in prezentarile viitoare.

Cei putini, cei fericiti, cei vii

Modelele computationale in evolutia moleculara sunt ipoteze matematice. Aici trebuie sa fac doua precizari. Mai intai, ipotezele nu sunt derivate din observatie desi sunt verificate prin observatie. In al doilea rand, nu exista stiinta fara ipoteze.

O ipoteza verificata prin observatii devine o teorie, si o teorie confirmata prin testul falsificarii devine fapt stiintific. Un fapt stiintific este o teorie care a fost confirmata cu fiecare noua descoperire. Din acest motiv evolutia este un fapt stiintific, indiferent daca ne place sau nu.

Avem teorii si ipoteze care incearca sa explice evolutia. Pentru ca bioinformatica depinde de cea mai avansata tehnologie nu numai in secventa ADN dar si in computere, orice model computational este deocamdata ipotetic.

Aici avem un blocaj psihologic la crestinul conservator care este speculat de Intelligent Design. Orice ipoteza noua este o aventura intelectuala in necunoscut. Instinctele crestinului conservator sunt anti-aventuroase. El simte ca pierde terenul de sub picioare atunci cand nu are certitudini in alb-negru.

Argumentul principal impotriva heliocentrismului a fost acela ca era doar o ipoteza matematica. Ipoteza a devenit teorie numai dupa Newton, si nu a fost confirmata empiric decat in era spatiala. Sputnik a fost primul experiment uman cu legile lui Newton. Si totusi exista inca credinciosi geocentristi in toate religiile cartii. Este puterea instinctului. Istoria se repeta cu teoria evolutiei.

Sunt inca in circulatie carti si articole publicate acum doua decenii care sustineau ca genomul fiecarei specii este delimitat de granite impenetrabile, si ca genomul uman este radical diferit de al celorlalte vietuitoare. Notiunea ca omul este “un ordin diferit” este inca mentionata in literatura religioasa. (N. B. Omul este din ordinul primatelor deja de la Linnaeus). Un alt argument popular in literatuara creationista era acela ca omul din Neanderthal ar fi un doar Sapiens degenerat “din cauza pacatului”. Atunci cand biologia moleculara a confirmat inrudirea universala a lumii vii si diversitatea genului Homo, exponentii ID si YEC au uitat predictiile lor falsificate, la fel cum fusesera uitate predictiil mai vechi despre coloana geologica, placi tectonice, si datari radiometrice. La fel ca in cazurile precedente, a fost gasita o rationalizare superficiala si guerilla ID s-a mutat la frontierele stiintei evolutionare, unde ipoteze noi ofera un teren fecund pentru exploatarea fricii de necunoscut a crestinului conservator.

Voi caracteriza miscarea ID in cuvintele lui Nietzsche din Gay Science:

Among some pious people I found a hatred of reason and was well disposed to them for that; for this at least betrayed their bad intellectual conscience. But to stand in the midst of this rerum concordia discors [discordant concord of things] and of this whole marvelous uncertainty and rich ambiguity of existence without questioning, without trembling with the craving and the rapture of such questioning, without at least hating the person who questions, perhaps even finding him faintly amusing—that is what I feel to be contemptible…

Intr-adevar, fundamentalistul cel putin uraste ratiunea in mod deschis si isi inchide ochii la stiinta. ID-istul vede si nu se intreaba de unde si cum. Dimpotriva, el foloseste orice argument rational pentru a-l convinge pe fundamentalist sa-si inchida ochii ca oricum nu are ce vedea. Ratiunea este folosita impotriva curiozitatii intelectuale. Exista un singur raspuns: asa a vrut Dumnezeu. Restul este desertaciune si goana dupa vand – “that is what I feel to be contemptible…”.

In ce ne priveste, citez din aceiasi carte:

At long last the horizon appears free to us again, even if it should not be bright; at long last our ships may venture out again, venture out to face any danger; all the daring of the lover of knowledge is permitted again; the sea, our sea, lies open again; perhaps there has never yet been such an „open sea”.

Ceea ce se deschide in fata noastra este o aventura a cunoasterii cum nu era inca posibil acum doua decenii. Ma bucur ca nu am murit inainte ca acest orizont liber sa se deschida dincolo de Gibraltarul secolului. “We the few, we the happy, we band of brothers…” care am muscat din fructul cunoasterii oprite. Noi, cei vii. Cat despre morti, pot a-si ingroape mortii fara mine.

Despre o conversatie esuata

Sonata a mentionat o dezbatere video pe care nu am postat-o din cauza ca nu am putut urmari o structura disciplinata. Am propus sa ne reintalnim cu un moderator care sa impuna punctele de discutie, si propunerea ramane in picioare. Nu are rost sa contrazic impresiile lui care, fireste, difera de a le mele, atata vreme cat nu puteti urmari emisiunea, pe care am sters-o din lipsa de spatiu pe SSD. Voi raspunde doar la acele obiectii in care Sonata nu citeaza impresii ci afirmatii concrete. Nu imi amintesc exact fiecare cuvant si reactiile descrise de Sonata, dar ii ofer beneficul indoielii pentru a continua conversatia.

Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns.

Deci nu mi-am facut bine lectia. Ca unul gata sa invete oricand si de la oricine, am dat un google cu Haldane si prima pagina s-a umplut imediat cu situri ID si YEC. Nici o lucrare stiintifica. Am trecut la Wikipedia, si dupa primul paragraf am inteles de ce nu am auzit de Haldane.

Haldane’s dilemma is a limit on the speed of beneficial evolution, first calculated by J. B. S. Haldane in 1957, and clarified further by later commentators. Some creationists and proponents of intelligent design claim it remains unresolved. Today, Haldane’s Dilemma is raised mostly by creationists opposed to evolution, who claim it is evidence against large-scale evolution, and a supposed example of negligence on the part of the scientific community.
Haldane stated at the time of publication „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision”, and subsequent corrected calculations found that the cost disappears. He had made an invalid simplifying assumption which negated his assumption of constant population size, and had also incorrectly assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, while sexual recombination means that two can be selected simultaneously so that both reach fixation more quickly.

Mai jos este raspunsul din TalkOrigins:

Haldane’s „cost of natural selection” stemmed from an invalid simplifying assumption in his calculations. He divided by a fitness constant in a way that invalidated his assumption of constant population size, and his cost of selection is an artifact of the changed population size. He also assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, but because of sexual recombination, the two can be selected simultaneously and both reach fixation sooner. With corrected calculations, the cost disappears (Wallace 1991; Williams n.d.).

Haldane’s paper was published in 1957, and Haldane himself said, „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision” (Haldane 1957, 523). It is irresponsible not to consider the revision that has occurred in the forty years since his paper was published.

ReMine (1993), who promotes the claim, makes several invalid assumptions. His model is contradicted by the following:
The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection.
Many genes would have been linked with genes that are selected and thus would have hitchhiked with them to fixation.
Many mutations, such as those due to unequal crossing over, affect more than one codon.
Human and ape genes both would be diverging from the common ancestor, doubling the difference.
ReMine’s computer simulation supposedly showing the negative influence of Haldane’s dilemma assumed a population size of only six (Musgrave 1999).

Imi recunosc lacunele in literatura tip ID si YEC, dar Sonata ar fi trebuit sa admita totusi ca in emisiunea Ceasuri moleculare am spus ca notiunea conform careia majoritatea mutatiilor au fost selectate pozitiv este depasita. Acesta este de fapt si unul din argumentele din TalkOrigins:“The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection” (3,a).

“Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”.

Sa ne intoarcem la Wikipedia.

In evolutionary genetics, Muller’s ratchet (named after Hermann Joseph Muller, by analogy with a ratchet effect) is a process by which the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner.[1][2] Muller proposed this mechanism as one reason why sexual reproduction may be favored over asexual reproduction. The negative effect of accumulating irreversible deleterious mutations may not be prevalent in organisms which, while they reproduce asexually, also undergo other forms of recombination. This effect has also been observed in those regions of the genomes of sexual organisms which do not undergo recombination.

Atunci cand ma acuza ca nu am auzit nici macar de Mueller’s Rachet, Sonata ignora faptul ca in emisiunea Deus sex machina am prezentat chiar teza lui Mueller mentionata in citatul de mai sus, si ca el m-a contrazis cu privire la validitatea ei. In conversatia noastra, Sonata nu s-a referit la teoria lui Mueller despre evolutia meiozei (pe care eu o sustin si el o respinge) ci la lucrari apologetice din genul ID care, in maniera devenita clasica, mentioneaza termenul “Muller’s Ratchet” intr-un context care lasa impresia ca teza: “the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner” ar dovedi ca mutatiile nu pot duce la evolutie. Ca aici. Cu alte cuvinte, Sonata m-a contrazis cu privire la teza numita Mueller’s Rachet dar ma acuza ca nu sunt familiar cu ea asa cum este rastalmacita in literatura creationista.

Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???”

O sa iau caricatura de portret. Cum sa nu sari in sus? Sa-l lasm mai intai pe Crick sa ne explice ce a vrut sa spuna.

I called this idea the central dogma, for two reasons, I suspect. I had already used the obvious word hypothesis in the sequence hypothesis, and in addition I wanted to suggest that this new assumption was more central and more powerful. … As it turned out, the use of the word dogma caused almost more trouble than it was worth. Many years later Jacques Monod pointed out to me that I did not appear to understand the correct use of the word dogma, which is a belief that cannot be doubted. I did apprehend this in a vague sort of way but since I thought that all religious beliefs were without foundation, I used the word the way I myself thought about it, not as most of the world does, and simply applied it to a grand hypothesis that, however plausible, had little direct experimental support.

Sonata vrea sa credem ca “dogma” lui Crick este o dogma in sens religios, cand Crick a vrut sa spuna „ipoteza centrala”. Cu alte cuvinte, pana si Crick ar fi recunoscut ca TE nu este stiinta ci credinta. Reactia mea (pe care Sonata si-o aminteste viscerala) are de a face cu lipsa de onestitate. Atunci cand il intreb pe Sonata daca are alta explicatie decat selectia naturala pentru culoarea verde a brostelor comune dar viu colorata a celor veninoase, nu astept sa schimbam subiectul pe analiza semantica a cuvantului “dogma” la Crick. Astept un raspuns pe care inca nu l-am primit.

Mai departe Sonata pledeaza impotriva emisiunii Ceasuri moleculare si a articolului Algebra evolutiei. Intrucat acestea sunt la indemana oricui, nu simt nevoia sa raspund. Internetul ne ofera acces la surse stiintifice. Oricine poate cauta termeni ca: parsimony, molecular clock, molecular philogenetics, convergent evolution, molecular computational evolution, si sa vada daca bat campii. Cand argumentul cel mai preferat este „se stie”, astept macar o referire la Wikipedia. Nu toata lumea stie ce scrie in literatura ID.

Profetul, Europa, si predicatorii

Algebra evolutiei

Dupa emisiunea Ceasuri moleculare, Sonata mi-a reprosat lipsa de claritate si Adrian Voiculescu a remarcat ca exista inca intrebari la care nu s-a raspuns. Voi incerca mai intai sa fiu mai clar. Apoi vom merge mai departe impreuna, intrebantu-ne si cautand raspunsuri.

Exista doua feluri de modele stiintifice: logico-conceptuale si matematice. De exemplu, arborele filogenetic formulat de Darwin este un model logico-conceptual. Arborele filogenetic molecular este un model matematic.

Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).

Metoda consta in a alinia genomuri in secvente paralele si a construi matrici de distanta intre aceste secvente. Distanta intre doua secvente este data de numarul de substitutii in secventa originara. Pe baza matricilor de distanta si a ceasurilor moleculare se calculeaza toti arborii filogenetici posibili si este ales cel cu parsimonie maxima.

Sa alegem un exemplu simplu, pe care il vom rezolva manual. Avem mai jos trei secvente paralele de opt nucleotide, la gorila, om, si cimpanzeu.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Deja la prima vedere observam ca primele patru litere sunt comune la toate trei speciile, iar primele cinci la om si cimpanzeu. Plecam de la ipoteza ca secventele comune sunt mostenite de la stramosul comun. Pasul urmator este construirea matricii de distante.

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Avem deci patru substituii intre gorila si om, patru intre gorila si cimpamzeu, si doua intre om si cimpanzeu. Sarcina noastra este acum sa stabilim arborele filogenetic. Pentru aceasta, vom calcula euristic toti arborii filogenetici posibili si il vom alege pe cel cu parsimonie maxima.

Un arbore posibil ar fi acela ca Gorila, Cimpanzeul si Omul sunt trei crengi din acelasi nod, adica au evoluat in paralel dintr-un singur stramos comun. In aceasta ipoteza, fiecare secventa ar fi avut 4 mutatii, urmate de alte doua, una la om si alta la cimpanzeu. Asta implica 14 mutatii in total, adica numarul maxim posibil. Este parsimonia minima. O alta problema o constituie distanta de doua molecule intre om si cimpanzeu. Asta inseamna ca ceasul molecular ar fi mers cu o substitutie in plus la fiecare din cele doua fata de ceasul gorilei.

Sa consideram acum un alt scenariu. Gorila s-a despartit mai intai de linia stramosului comun al omului si al cimpanzeului prin doua substitutii. Stramosul comun om/cimp a suferit o substituie inainte de bifurcare, si apoi fiecare din cele doua specii a avut cate o substituie. Asta inseamna un numar de 5 mutatii si un ritm egal al ceasurilor moleculare pe parcursul procesului. Este drumul cu parsimonie maxima.

Vom determina deci arborele filogenetic cu doua noduri, primul la despartirea liniei gorilei de linia comuna, al doilea la bifurcarea omului si cimpanzeului. Lungimea crengilor in timp este direct proportionala cu numarul respectiv de substitutii moleculare.

Acum, o secventa de opt litere nu ar putea fi baza unei ipoteze. Este vorba insa de trei miliarde. Asta face ca probabilitatea sa depaseasca nivelul indoielii rezonabile. Pe de alta parte, analiza unei matrici atat de complexe nu se poate face manual, insa operatia este in principiu aceiasi.

Exista intrebari? Numele lor este legiune. Avem toate raspunsurile? Stiinta nu are niciodata toate raspunsurile. Adevarul este ca avem mai multe modele ale evolutiei moleculare la fel de valide. Acesta nu este insa un argument pentru scepticism intelectual. Intr-o zi vom avea raspunsuri la intrebarile prezente, dar raspunsurile vor da nastere la alte intrebari. Cunoasterea este o aventura, si aventurile nu sunt pentru cei care nu tolereaza incertitudini.

Vom explora in continuare certitudinile si incertitudinile evolutiei. Deocamdata am incercat doar sa fac mai clare cateva idei din prezentarea video.

Un altfel de baptist

In Capcana Vechiului Testament