Cei putini, cei fericiti, cei vii

6 iulie 2016 de 260 comentarii

Modelele computationale in evolutia moleculara sunt ipoteze matematice. Aici trebuie sa fac doua precizari. Mai intai, ipotezele nu sunt derivate din observatie desi sunt verificate prin observatie. In al doilea rand, nu exista stiinta fara ipoteze.

O ipoteza verificata prin observatii devine o teorie, si o teorie confirmata prin testul falsificarii devine fapt stiintific. Un fapt stiintific este o teorie care a fost confirmata cu fiecare noua descoperire. Din acest motiv evolutia este un fapt stiintific, indiferent daca ne place sau nu.

Avem teorii si ipoteze care incearca sa explice evolutia. Pentru ca bioinformatica depinde de cea mai avansata tehnologie nu numai in secventa ADN dar si in computere, orice model computational este deocamdata ipotetic.

Aici avem un blocaj psihologic la crestinul conservator care este speculat de Intelligent Design. Orice ipoteza noua este o aventura intelectuala in necunoscut. Instinctele crestinului conservator sunt anti-aventuroase. El simte ca pierde terenul de sub picioare atunci cand nu are certitudini in alb-negru.

Argumentul principal impotriva heliocentrismului a fost acela ca era doar o ipoteza matematica. Ipoteza a devenit teorie numai dupa Newton, si nu a fost confirmata empiric decat in era spatiala. Sputnik a fost primul experiment uman cu legile lui Newton. Si totusi exista inca credinciosi geocentristi in toate religiile cartii. Este puterea instinctului. Istoria se repeta cu teoria evolutiei.

Sunt inca in circulatie carti si articole publicate acum doua decenii care sustineau ca genomul fiecarei specii este delimitat de granite impenetrabile, si ca genomul uman este radical diferit de al celorlalte vietuitoare. Notiunea ca omul este “un ordin diferit” este inca mentionata in literatura religioasa. (N. B. Omul este din ordinul primatelor deja de la Linnaeus). Un alt argument popular in literatuara creationista era acela ca omul din Neanderthal ar fi un doar Sapiens degenerat “din cauza pacatului”. Atunci cand biologia moleculara a confirmat inrudirea universala a lumii vii si diversitatea genului Homo, exponentii ID si YEC au uitat predictiile lor falsificate, la fel cum fusesera uitate predictiil mai vechi despre coloana geologica, placi tectonice, si datari radiometrice. La fel ca in cazurile precedente, a fost gasita o rationalizare superficiala si guerilla ID s-a mutat la frontierele stiintei evolutionare, unde ipoteze noi ofera un teren fecund pentru exploatarea fricii de necunoscut a crestinului conservator.

Voi caracteriza miscarea ID in cuvintele lui Nietzsche din Gay Science:

Among some pious people I found a hatred of reason and was well disposed to them for that; for this at least betrayed their bad intellectual conscience. But to stand in the midst of this rerum concordia discors [discordant concord of things] and of this whole marvelous uncertainty and rich ambiguity of existence without questioning, without trembling with the craving and the rapture of such questioning, without at least hating the person who questions, perhaps even finding him faintly amusing—that is what I feel to be contemptible…

Intr-adevar, fundamentalistul cel putin uraste ratiunea in mod deschis si isi inchide ochii la stiinta. ID-istul vede si nu se intreaba de unde si cum. Dimpotriva, el foloseste orice argument rational pentru a-l convinge pe fundamentalist sa-si inchida ochii ca oricum nu are ce vedea. Ratiunea este folosita impotriva curiozitatii intelectuale. Exista un singur raspuns: asa a vrut Dumnezeu. Restul este desertaciune si goana dupa vand – “that is what I feel to be contemptible…”.

In ce ne priveste, citez din aceiasi carte:

At long last the horizon appears free to us again, even if it should not be bright; at long last our ships may venture out again, venture out to face any danger; all the daring of the lover of knowledge is permitted again; the sea, our sea, lies open again; perhaps there has never yet been such an „open sea”.

Ceea ce se deschide in fata noastra este o aventura a cunoasterii cum nu era inca posibil acum doua decenii. Ma bucur ca nu am murit inainte ca acest orizont liber sa se deschida dincolo de Gibraltarul secolului. “We the few, we the happy, we band of brothers…” care am muscat din fructul cunoasterii oprite. Noi, cei vii. Cat despre morti, pot a-si ingroape mortii fara mine.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Despre o conversatie esuata

6 iulie 2016 de 50 comentarii

Sonata a mentionat o dezbatere video pe care nu am postat-o din cauza ca nu am putut urmari o structura disciplinata. Am propus sa ne reintalnim cu un moderator care sa impuna punctele de discutie, si propunerea ramane in picioare. Nu are rost sa contrazic impresiile lui care, fireste, difera de a le mele, atata vreme cat nu puteti urmari emisiunea, pe care am sters-o din lipsa de spatiu pe SSD. Voi raspunde doar la acele obiectii in care Sonata nu citeaza impresii ci afirmatii concrete. Nu imi amintesc exact fiecare cuvant si reactiile descrise de Sonata, dar ii ofer beneficul indoielii pentru a continua conversatia.

Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns.

Deci nu mi-am facut bine lectia. Ca unul gata sa invete oricand si de la oricine, am dat un google cu Haldane si prima pagina s-a umplut imediat cu situri ID si YEC. Nici o lucrare stiintifica. Am trecut la Wikipedia, si dupa primul paragraf am inteles de ce nu am auzit de Haldane.

Haldane’s dilemma is a limit on the speed of beneficial evolution, first calculated by J. B. S. Haldane in 1957, and clarified further by later commentators. Some creationists and proponents of intelligent design claim it remains unresolved. Today, Haldane’s Dilemma is raised mostly by creationists opposed to evolution, who claim it is evidence against large-scale evolution, and a supposed example of negligence on the part of the scientific community.
Haldane stated at the time of publication „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision”, and subsequent corrected calculations found that the cost disappears. He had made an invalid simplifying assumption which negated his assumption of constant population size, and had also incorrectly assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, while sexual recombination means that two can be selected simultaneously so that both reach fixation more quickly.

Mai jos este raspunsul din TalkOrigins:

Haldane’s „cost of natural selection” stemmed from an invalid simplifying assumption in his calculations. He divided by a fitness constant in a way that invalidated his assumption of constant population size, and his cost of selection is an artifact of the changed population size. He also assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, but because of sexual recombination, the two can be selected simultaneously and both reach fixation sooner. With corrected calculations, the cost disappears (Wallace 1991; Williams n.d.).

Haldane’s paper was published in 1957, and Haldane himself said, „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision” (Haldane 1957, 523). It is irresponsible not to consider the revision that has occurred in the forty years since his paper was published.

ReMine (1993), who promotes the claim, makes several invalid assumptions. His model is contradicted by the following:
The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection.
Many genes would have been linked with genes that are selected and thus would have hitchhiked with them to fixation.
Many mutations, such as those due to unequal crossing over, affect more than one codon.
Human and ape genes both would be diverging from the common ancestor, doubling the difference.
ReMine’s computer simulation supposedly showing the negative influence of Haldane’s dilemma assumed a population size of only six (Musgrave 1999).

Imi recunosc lacunele in literatura tip ID si YEC, dar Sonata ar fi trebuit sa admita totusi ca in emisiunea Ceasuri moleculare am spus ca notiunea conform careia majoritatea mutatiilor au fost selectate pozitiv este depasita. Acesta este de fapt si unul din argumentele din TalkOrigins:“The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection” (3,a).

“Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”.

Sa ne intoarcem la Wikipedia.

In evolutionary genetics, Muller’s ratchet (named after Hermann Joseph Muller, by analogy with a ratchet effect) is a process by which the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner.[1][2] Muller proposed this mechanism as one reason why sexual reproduction may be favored over asexual reproduction. The negative effect of accumulating irreversible deleterious mutations may not be prevalent in organisms which, while they reproduce asexually, also undergo other forms of recombination. This effect has also been observed in those regions of the genomes of sexual organisms which do not undergo recombination.

Atunci cand ma acuza ca nu am auzit nici macar de Mueller’s Rachet, Sonata ignora faptul ca in emisiunea Deus sex machina am prezentat chiar teza lui Mueller mentionata in citatul de mai sus, si ca el m-a contrazis cu privire la validitatea ei. In conversatia noastra, Sonata nu s-a referit la teoria lui Mueller despre evolutia meiozei (pe care eu o sustin si el o respinge) ci la lucrari apologetice din genul ID care, in maniera devenita clasica, mentioneaza termenul “Muller’s Ratchet” intr-un context care lasa impresia ca teza: “the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner” ar dovedi ca mutatiile nu pot duce la evolutie. Ca aici. Cu alte cuvinte, Sonata m-a contrazis cu privire la teza numita Mueller’s Rachet dar ma acuza ca nu sunt familiar cu ea asa cum este rastalmacita in literatura creationista.

Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???”

O sa iau caricatura de portret. Cum sa nu sari in sus? Sa-l lasm mai intai pe Crick sa ne explice ce a vrut sa spuna.

I called this idea the central dogma, for two reasons, I suspect. I had already used the obvious word hypothesis in the sequence hypothesis, and in addition I wanted to suggest that this new assumption was more central and more powerful. … As it turned out, the use of the word dogma caused almost more trouble than it was worth. Many years later Jacques Monod pointed out to me that I did not appear to understand the correct use of the word dogma, which is a belief that cannot be doubted. I did apprehend this in a vague sort of way but since I thought that all religious beliefs were without foundation, I used the word the way I myself thought about it, not as most of the world does, and simply applied it to a grand hypothesis that, however plausible, had little direct experimental support.

Sonata vrea sa credem ca “dogma” lui Crick este o dogma in sens religios, cand Crick a vrut sa spuna „ipoteza centrala”. Cu alte cuvinte, pana si Crick ar fi recunoscut ca TE nu este stiinta ci credinta. Reactia mea (pe care Sonata si-o aminteste viscerala) are de a face cu lipsa de onestitate. Atunci cand il intreb pe Sonata daca are alta explicatie decat selectia naturala pentru culoarea verde a brostelor comune dar viu colorata a celor veninoase, nu astept sa schimbam subiectul pe analiza semantica a cuvantului “dogma” la Crick. Astept un raspuns pe care inca nu l-am primit.

Mai departe Sonata pledeaza impotriva emisiunii Ceasuri moleculare si a articolului Algebra evolutiei. Intrucat acestea sunt la indemana oricui, nu simt nevoia sa raspund. Internetul ne ofera acces la surse stiintifice. Oricine poate cauta termeni ca: parsimony, molecular clock, molecular philogenetics, convergent evolution, molecular computational evolution, si sa vada daca bat campii. Cand argumentul cel mai preferat este „se stie”, astept macar o referire la Wikipedia. Nu toata lumea stie ce scrie in literatura ID.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , ,

In lieu of flowers

4 iulie 2016 de 13 comentarii

Se pare că Edi ȋși lustruiește pistolul și vizitează florării adulmecȃnd o victorie iluzorie. Părerea mea este ca ar face mai bine să-și verifice muniţia pentru că deocamdată folosește cartușe oarbe. Acum o luna si jumatate i-am facut o vizita la Chicago si am avut prima noastra confruntare in fata camerei de filmat. In final, dupa mai bine de o ora de ostilitati, obosit, transpirat, exasperat, a sugerat ca “discutia nu a fost destul de bine structurata” pentru a fi publicata. L-am asigurat ca nu ma deranjeaza nici nepublicarea si nici publicarea filmarii si ca ii stau la dispozitie oricand doreste sa reluam discutia, dar numai daca vom avea si un moderator.

Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns. “Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”. Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???” Momentul a fost si funny si penibil in acelas timp. Stateam de vorba cu cineva care promisese ca va demonstra de ce “biologia moleculara computationala este cea mai puternica dovada in favoarea evolutiei”, dar era clar ca amicul nostru nu si-a facut mai deloc temele. Cele doua prezentari in tandem, “Ceasurile moleculare” si “Algebra evolutiei” nu au fost decat un ghiveci de ambiguitati, Edi fiind “un maestru al echivocatiilor”, asa cum a fost caracterizat de un alt amic al nostru de blog. Deci nu lipsa de claritate am acuzat-o, ci abundenta de confuzii si ambiguitati. Examinez mai jos cateva fraze si redau minutul in care apar.

0:40 “Din punctul meu de vedere asta este cel mai puternic argument si se pare ca asta este si opinia oamenilor de stiinta”.

Dupa ce ne asigura ca este doar un amator care incearca sa inteleaga lucrurile cu mintea sa, Edi sugereaza ca punctul sau de vedere este si al oamenilor de stiinta. Nu cunosc nici un om de stiinta care sa fi afirmat ca biologia moleculara computationala (caci despre asta era vorba, nu-i asa?) este cea mai buna dovada. Asadar, Edi este rugat sa citeze pe acei oameni de stiinta, ce anume au spus si unde.

1:30 “Principiul parcimoniei” … “evolutia face economie de evenimente evolutionare, de mutatii”.

2:03 “evolutia isi cauta drumul cel mai scurt, in sensul ca drumul cel mai scurt implica cele mai putine mutatii”

Acestea sunt echivocatiuni marca EdiConst. Dupa ce ani de zile si-a spalat publicul pe creier ca evolutia lucreza pe distanta a milioane si milioane de ani prin mutatii mici care se acumuleaza si produc modificari la nivel macroevolutionar (conceptie darwinista prin excelenta), Edi realizeaza ca selectia naturala nu poate produce nimic si, pe nebagare de seama, pregateste calea pentru ceea ce i se pare o revelatie de ultima ora, “mutatiile neutre”, pe care, de fapt, nu le intelege (voi reveni).  “Evolutia” nu-si cauta nimic pentru ca nu este o entitate sentienta.

11:58 “evolutia convergenta la vulturul plesuv USA/Europa, mutatii diferite dau acelas fenotip datorita adaptarii la mediu”.

Aici apare din nou elucubratia numita “evolutie convergenta” (despre care am mai vorbit), un termen gol fara nici o explicatie stiintifica, precum si confuzia de genul “cine a fost mai intai, oul sau gaina?”. Deci ce a fost mai intai? Mutatiile diferite care dau acelas fenotip? Sau adaptarea la mediu creeaza acelas fenotip? Si de ce nu ar fi lasate aceste specii sa fie pur si simplu specii diferite fara sa invocam “evolutia convergenta”? Obsesia compararii genomurilor si incercarea de a stabili fortat niste arbori filogenetici moleculari este urmarea prea multei importante acordate modelului reductionist. Voi reveni.

12:28 “principiul parcimonei – nu credem ca o mutatie apare de doua ori”.        

Ce rol are credinta la un evolutionist materialist? Desigur ca sunt mutatii care apar de mai multe ori, doar ca nu sunt din acelea aleatorii care sunt invocate de neodarwinisti, ci sunt mutatii non-aleatorii care sunt parte a proceselor fundamentale caracteristice celulei vii. Voi reveni.

13:16 “era clasica a sintezei moderne: trei tipuri de mutatii…Negative (13:30) sunt eliminate, nu le putem vedea…13:48 ele au disparut… 13:58 mutatii neutre … foarte putine …14:06 majoritatea mutatiilor care s-au pastrat sunt favorabile … cele mai multe gene ale noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii …

Sunt tot felul de probleme cu aceste afirmatii. Mutatiile trebuie discutate pe larg si intelese mai bine, ceea ce voi face mai tarziu. Toate mutatiile sunt negative din punct de vedere al informatiei, adica ele duc la o degradare a informatiei. Chiar si in cazurile cand apar mutatii adaptive (observate in experimentele de laborator), adaptarea s-a facut prin reducere de informatie sau functie. NU, nu s-au eliminat mutatiile negative (decat daca au fost extrem de severe incat au dus la extinctie rapida), un exemplu fiind Down Syndrome unde o mutatie de copiere partiala sau totala a cromozomului 21 duce la un numar de trei cromozomi in loc de doi, ceea ce provoaca mari probleme de sanatate. NU exista mutatii pozitive din punct de vedere al informatiei, adica nici un experiment nu a demonstrat aparitia de informatie noua, functionala si neexistenta pana atunci in genom. Ideea ca genele noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii este doar o poveste fara nici o validare empirica.

16:36 “majoritatea mutatiilor sunt neutre”

Sunt multe de spus despre teoria neutrala a lui Kimura (1968), pe care el insusi o numeste o “ipoteza”. Ceea ce Kimura a teoretizat este ca majoritatea mutatiilor au un efect atat de mic asupra fenotipului incat pot fi considerate “neutre”. Ele sunt imperceptibile selectiei naturale (si asa este, selectia naturala nu actioneaza niciodata la nivelul nucleotidelor), ceea ce face ca ele sa nu fie eliminate de selectia naturala, ci sa se fixeze in populatie prin drift genetic, care este un proces aleatoriu. Ipoteza lui este o teoretizare, o reactie la dilema lui Haldane, despre care voi vorbi mai tarziu. Tomoko Ohta (1972) vine cu ipoteza mutatiilor “aproape neutre” (near-neutrals) care, spre deosebire de Kimura care sugereaza ca rata mutatiilor este constanta indiferent de marimea populatiei, propune ca numarul de indivizi ai unei populatii are o influenta semnificativa asupra proceselor evolutive moleculare. Problema principala cu ipoteza mutatiilor neutre sau aproape neutre este ca in timp ce se sugereaza ca aceste mutatii nu genereaza modificari la nivelul fenotipului, macroevolutia presupune exact modificarea fenotipului. Cine o produce?

20:45 “stim cand, unde … oamenii s-au despartit … pe baza ADN-ului, arheologia este doar o confirmare”.

Nu. Pretindem doar ca “stim cand, unde, etc.” si asta s-a facut exact pe baza arheologiei si paleontologiei, inainte de dezvoltarea biologiei moleculare. “Confirmarea” este urmarea calibrarii ceasurilor moleculare dupa fosile, fara de care ceasurile moleculare nu au relevanta.

21:00 “o descoperire foarte importanta legata de mutatiile neutre: ceasuri moleculare, mutatiile neutre au loc intr-un ritm constant in toata istoria vietii”.

21:45 “un cas care ticaie constant in toata istoria vietii, de la bacterie la om … rata mutatiilor neutre este constanta”.

Nu. Mai intai, rata mutatiilor nu este constanta “de la bacterie la om” ci rata mutatiilor variaza de la o specie la alta, ba chiar variaza de la o portiune a ADN-ului la alta, si variatia depinde de o serie de factori:  numarul membrilor unei populatii, varsta medie a unei generatii, conditiile de mediu, zona din ADN unde au loc mutatiile, daca este din cea care codeaza, sau nu, radiatia, agentii chimici, etc. Apoi, ipoteza “ceasurilor moleculare” a fost formulata de Emile Zuckerkandl si Linus Pauling in 1962 ca un mod de interpretare a asemanarilor si diferentelor dintre doua genomuri in ce priveste succesiunea alelelor, asumand o rata constanta a mutatiilor. Intentia lor nu a fost sa sprijine neutralismul propus de Kimura mai tarziu, in 1968, ci a fost sa sprijine evolutia asa cum era inteleasa de “clasici” ca Mayr si Simpson, adica sa evidentieze rolul selectiei naturale la nivel molecular. Zuckerkandl si Pauling au crezut ca aminoacizii sunt constransi, determinati, de o serie de factori care se manifesta constant in timp.

23:27 “faptul ca cele mai multe mutatii sunt neutre este o explicatie a diversitatii vietii”.

Repet, mutatiile “neutre” sunt de fapt mutatii negative “near-neutrals”. Oricate mutatii “near-neutrals” s-ar acumula in genom, ele nu pot duce decat la o degradare din ce in ce mai mare a genomului si in nici un caz la “diversitatea vietii”, diversitate care implica aparitia de informatie noua, functionala, capabila sa genereze noi aminoacizi, noi proteine, noi functii, noi organe, noi organisme. Edi doar preia echivocatia din ipoteza lui Kimura ca rata mutatiilor este egala cu rata fixarii lor in genom, singura ipoteza care ar fi ocolit problemele semnalate de Haldane, unde selectia naturala nu este capabila sa fixeze un numar prea mare de mutatii per generatie datorita costurilor implicate,  iar despre costurile selectiei sunt multe de spus. Voi reveni.

26:10 “cele mai multe mutatii neutre sunt substitutii, se schimba o litera, se schimba aminoacidul, se schimba fenotipul”.

Nu. Aici este echivocatiune. Kimura, Ohna, Ohta, sugereaza ca aceste mutatii nu schimba secventa aminoacizilor care compun proteinele, deci nu se schimba proteinele, si de aici rezulta ca nu se schimba fenotipul. Daca mutatiile ar fi grav negative si nu “aproape neutre”, ele ar afecta secventa aminoacizilor incat asta ar afecta forma si functia proteinelor, ceea ce ar afecta serios homeostaza si perpetuarea organismului. Este doar o speranta desarta ca “mutatiile neutre” pot duce la diversificarea vietii, cand ele nu fac altceva decat sa afecteze claritatea informatiei din ADN. Despre mutatii vom mai vorbi.

27:33 “privind in genom observam ca au fost si mutatii pozitive… s-au raspandit foarte repede”.

Din nou, trebuie sa facem distinctie intre “pozitiv” ca fiind egal cu “binefacator” (am mai spus ca binefacatoare pot fi si mutatiile usor negative in anumite conditii cand este nevoie de adaptare), dar “pozitive” in sensul de adaugare de informatie noua si functionala in ADN, asa ceva nu s-a observat in nici un experiment de laborator.

28:28 “ comparam genomuri .. unele sunt mai apropiate… provin din stramos comun”.

Asta este o concluzie pe care o tragi doar daca esti un evolutionist materialist care nu are si nici nu concepe o alternativa a complexitatii vietii, ci doar hazardul.

33:33 “ gene care s-au raspandit mai repede … mutatii pozitive supuse unei presiuni selective”.

Este o eroare de conceptie, o poveste fara acoperire faptica. Nu exista mutatii pozitive si nu exista o presiune selectiva (pozitiva) a genelor. Selectia nu actioneaza la nivelul genei, ci doar, si cel mult, la nivelul individului cu rol purificator, deci de eliminare a mutatiilor grav-negative care duc la extinctie.

35:52 “ ceasurile moleculare confirma datarile radiometrice si analiza statistica a genomurilor dupa principiul parcimoniei, confirma arborele vietii”.

Nu. Ceasurile moleculare nici macar nu functioneaza decat daca sunt calibrate dupa fosile, ceea ce este o cu totul alta problema. Ele nu confirma arborele vietii, ci sunt folosite pentru a se sugera arbori ai vietii pe baza moleculara, care adesea difera de arbori ai vietii bazati pe comparatii morfologice.

36:10 “sonata a venit cu o idee, ca biologia moleculara falsifica paleontologia; dimpotriva, paleontologia este folosita ca un ghid”.

Ceea ce am spus este ca datarile bazate pe ceasul molecular nu sunt definitorii si adesea contrazic datarile din paleontologie, iar aceste probleme au fost semnalate de insasi evolutionisti ca Francisco Ayala, Lindell Bromham, Megan Woolfit, Simon Y. W. Ho, si altii. Cum explica Edi explozia Cambriana prin conceptul ceasurilor moleculare, acesta fiind doar unul din exemplele de explozie radiala?

In eseul “Algebra evolutiei” Edi spune:

“Arborele filogenetic molecular este un model matematic. Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).”

Cine altul decat Edi a stabilit ca avem de-a face aici cu “axiome”? Si daca dansul le numeste “axiome” inseamna ca sunt cu adevarat? Eu le vad ca niste ipoteze invalide.

  1. Majoritatea mutatiilor sunt negative si aproape-neutre. Ele se fixeaza in populatii prin drift genetic, dar asta nu duce la cresterea diversitatii, care implica informatie noua, functionala, integrata cu restul informatiei din genom, ci duce la o tulburare a informatiei, o denaturare treptata si nociva.
  2. Cea mai comuna mutatie nu este substitutia unei nucleotide, care este o mutatie negativa cu o rata medie de 1 X 10-8 , ci transferul pe orizontala, care nu este aleatoriu ci se afla sub controlul diferitelor module de control si reglaj prezente in genom si in alte sub-organe ale celulei vii (per Shapiro).
  3. Rata substitutiei nu este constanta in istoria vietii. “Ceasul molecular” este o metafora asemenea celei de “raport fosil”. Asa cum fosilele nu dau nici un raport, ci termenul reprezinta modul in care niste fapte statice (fosilele) sunt interpretate, tot asa “ceasurile moleculare” reprezinta modul in care alte fapte statice (succesiunea nucleotidelor intr-un genom) sunt interpretate de oamenii de stiinta. “Ceasul” nu are sens decat daca este calibrat dupa fosile.
  4. Evolutia nu are cum sa cunoasca “principiul parsimoniei”. Viata este orice altceva decat un rezultat al parsimoniei, este de o complexitate inimaginabila din care cunoastem inca foarte putin.

In concluzie, parerea mea umila este ca Edi este in deriva intelectuala in ce priveste evolutia si biologia in general. Ani de zile a facut publicitate darwinismului si selectiei naturale (nu de mult inca batea moneda pe selectia naturala cu barza si broasca), iar acum Edi ia in brate neutralismul lui Kimura, care merge in directie opusa darwinismului si subliniaza ca selectia naturala nu joaca aproape nici un rol in evolutie. Se pare ca Edi nu intelege ca Kimura a emis ipoteza sa ca o reactie la dilema lui Haldane, si ca asemenea lui Fisher, Wright si Haldane, el a incercat sa rezolve inadvertentele prezente in modelele anterioare propuse de sinteza moderna. Adevarul este ca modelele acestor pionieri ai geneticii populatiilor au pornit de la premisa falsa ca genele si nucleotidele sunt unitati care se mostenesc independent si care pot fi selectate independent, fie pozitiv sau negativ, pe cand realitatea este ca niciodata nucleotidele nu sunt independente una de alta, ci formeaza grupuri sau ciorchini care contin intre 10000 si 1000000 nucleotide (Shapiro le numeste “insule moleculare”) si acestea se mostenesc impreuna, fara a fi vreodata rupte in bucati. Consider acest articol doar o paranteza. In editorialele viitore voi continua pe tema “Viata, ca informatie”, chiar daca pistolul meu bate la “foc-cu-foc” pe cand al lui Edi este “semi-automat”. Unii dintre noi mai trebuie sa si munceasca si nu au timp de vizite la florarii…

Înregistrat sub Editorial

Profetul, Europa, si predicatorii

1 iulie 2016 de 41 comentarii

Înregistrat sub Editorial, Video Tagged with , , ,

Algebra evolutiei

28 iunie 2016 de 19 comentarii

Dupa emisiunea Ceasuri moleculare, Sonata mi-a reprosat lipsa de claritate si Adrian Voiculescu a remarcat ca exista inca intrebari la care nu s-a raspuns. Voi incerca mai intai sa fiu mai clar. Apoi vom merge mai departe impreuna, intrebantu-ne si cautand raspunsuri.

Exista doua feluri de modele stiintifice: logico-conceptuale si matematice. De exemplu, arborele filogenetic formulat de Darwin este un model logico-conceptual. Arborele filogenetic molecular este un model matematic.

Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).

Metoda consta in a alinia genomuri in secvente paralele si a construi matrici de distanta intre aceste secvente. Distanta intre doua secvente este data de numarul de substitutii in secventa originara. Pe baza matricilor de distanta si a ceasurilor moleculare se calculeaza toti arborii filogenetici posibili si este ales cel cu parsimonie maxima.

Sa alegem un exemplu simplu, pe care il vom rezolva manual. Avem mai jos trei secvente paralele de opt nucleotide, la gorila, om, si cimpanzeu.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Deja la prima vedere observam ca primele patru litere sunt comune la toate trei speciile, iar primele cinci la om si cimpanzeu. Plecam de la ipoteza ca secventele comune sunt mostenite de la stramosul comun. Pasul urmator este construirea matricii de distante.

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Avem deci patru substituii intre gorila si om, patru intre gorila si cimpamzeu, si doua intre om si cimpanzeu. Sarcina noastra este acum sa stabilim arborele filogenetic. Pentru aceasta, vom calcula euristic toti arborii filogenetici posibili si il vom alege pe cel cu parsimonie maxima.

Un arbore posibil ar fi acela ca Gorila, Cimpanzeul si Omul sunt trei crengi din acelasi nod, adica au evoluat in paralel dintr-un singur stramos comun. In aceasta ipoteza, fiecare secventa ar fi avut 4 mutatii, urmate de alte doua, una la om si alta la cimpanzeu. Asta implica 14 mutatii in total, adica numarul maxim posibil. Este parsimonia minima. O alta problema o constituie distanta de doua molecule intre om si cimpanzeu. Asta inseamna ca ceasul molecular ar fi mers cu o substitutie in plus la fiecare din cele doua fata de ceasul gorilei.

Sa consideram acum un alt scenariu. Gorila s-a despartit mai intai de linia stramosului comun al omului si al cimpanzeului prin doua substitutii. Stramosul comun om/cimp a suferit o substituie inainte de bifurcare, si apoi fiecare din cele doua specii a avut cate o substituie. Asta inseamna un numar de 5 mutatii si un ritm egal al ceasurilor moleculare pe parcursul procesului. Este drumul cu parsimonie maxima.

Vom determina deci arborele filogenetic cu doua noduri, primul la despartirea liniei gorilei de linia comuna, al doilea la bifurcarea omului si cimpanzeului. Lungimea crengilor in timp este direct proportionala cu numarul respectiv de substitutii moleculare.

Acum, o secventa de opt litere nu ar putea fi baza unei ipoteze. Este vorba insa de trei miliarde. Asta face ca probabilitatea sa depaseasca nivelul indoielii rezonabile. Pe de alta parte, analiza unei matrici atat de complexe nu se poate face manual, insa operatia este in principiu aceiasi.

Exista intrebari? Numele lor este legiune. Avem toate raspunsurile? Stiinta nu are niciodata toate raspunsurile. Adevarul este ca avem mai multe modele ale evolutiei moleculare la fel de valide. Acesta nu este insa un argument pentru scepticism intelectual. Intr-o zi vom avea raspunsuri la intrebarile prezente, dar raspunsurile vor da nastere la alte intrebari. Cunoasterea este o aventura, si aventurile nu sunt pentru cei care nu tolereaza incertitudini.

Vom explora in continuare certitudinile si incertitudinile evolutiei. Deocamdata am incercat doar sa fac mai clare cateva idei din prezentarea video.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Un altfel de baptist

24 iunie 2016 de 6 comentarii

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , , ,

In Capcana Vechiului Testament

21 iunie 2016 de 48 comentarii

Înregistrat sub Video Tagged with , , ,

Apocalipsa dupa Iacob Mincinosul

18 iunie 2016 de 34 comentarii

Înregistrat sub Video Tagged with , , ,

Come, Mister tally man, tally me banana

17 iunie 2016 de 7 comentarii

Ce frumos lucesc pe podium pantofii evanghelistului american.

Pe la inceputul anilor ‘90 ma aflam la o sesiune de intrebari si raspunsuri cu un mare, M-A-R-E evanghelist international, cand cineva l-a intrebat ce brand sunt pantofii pe care-i poarta. O intrebare bine pusa cuprinde jumatate din raspuns. Imaginati-l pe Ioan privind la picioarele murdare ale lui Isus si spunand: “nu sunt vrednic sa-i lustruiesc Gucci”. Prima jumatate a raspunsului este ca marele evanghelist nu are nimic in comun cu Evanghelia.

Atunci in ce consta misiunea evanghelistului? Este a doua jumatate a raspunsului.

Mai intai sa facem putina istorie.

Inainte de a fi numele unui chainstore de haine chic, termenul banana republic a fost folosit de muckrakers, jurnalistii care scurma in noroi (o specie pe cale de disparitie), cu referire la unele state din America Latina a caror economie se bazeaza pe exportul de fructe exotice si cafea. Anumiti oameni de afaceri au inteles ca este mai profitabil sa cumperi toata tara decat doar bananele si asa s-a nascut prima republica de banane. Pentru a transforma o tara intr-o republica de banane trebuie mai intai sa cumperi guvernul sau sa aranjezi o lovitura de stat cu ajutor militar si intelligence din US, pentru combaterea comunismului si “restabilirea democratiei”. Pasul urmator este implementarea unui proces drastic de privatizare a sectorului public, exproprierea fermierilor nativi si stabilirea unei enclave economice netaxabile sub capital strain. Institutiile statului, justitia si armata, lucreaza pentru gringos, dar taxele le plateste omul sarac. Modelul s-a extins la economii bazate pe minereuri, diamante, petrol si alte resurse naturale, din lumea a treia.

Exista insa o problema. Intr-o banana republic, puterea sta pe un scaun cu trei picioare: banii, armata si biserica. Ai pus mana pe primele doua, dar ce faci cu a treia, cand biserica a muscat din fructul oprit? Biserica Catolica din America Latina are multi scheleti in altar, dar vanzarea turmei nu este printre ei. Asadar, ce faci cand catolicii cocheteaza cu marxismul? Solutia sunt misionarii protestanti.

Probabil ca sunteti familiari cu experientele misionare traznitoare din America Latina. Se roaga omul pentru un avion, pac avionul. Se roaga pentru o statie TV, pac cecul de un milion. Am o singura intrebare: cum se face ca elitele latino-americane de religie catolica si in nici un caz entuziasti ai libertatii religioase, nu pun piedici in calea misionarilor protestanti, ci, dimpotriva, le acorda concursul? Raspunsul este ca pentru aceste elite locale, la fel ca si pentru partenerii lor transnationali care doneaza gras pentru “caritate”, “dezvoltare” si “educatie” in America Latina, misiunile protestante indeplinesc o functie vitala in re-educarea nativilor in spiritul eticii protestane (a se citi docilitate proletar-agrara) si, mai ales, in combaterea marxismului si a comunelor economice catolice inspirate din teologia eliberarii.

Aspectul care ne intereseaza aici este ca, in acest proces, evanghelicii si-au creat propriile republici de banane, nu numai in America latina, ci oriunde o economie in dezvoltare este reformata dupa modelul banana republic. Este vorba despre colonizarea bisericii locale care este transformata intr-o sucursala de rapoarte misionare spectaculoase. Scopul acestor rapoarte este sa arate celor de acasa ca exista o misiune mondiala vibranta si plina de succese, si sa justifice o naratiune eschatologica triumfalista si urgenta totodata. In cele din urma, este vorba despre profitul realizat prin sponsorizari si donatii.

Nu voi sustine aici ca Romania a devenit o banana republic (se poate argumenta), ci doar ca manifesta simptomele. Bananizarea evanghelismului este unul dintre ele.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Evanghelizare stil Potemkin

15 iunie 2016 de 17 comentarii

Dupa ce a incheiat potemkiada evanghelistica in Rwanda, Ted Wilson a venit in Romania sa monteze decorul pentru urmatorul super-show.

Presedintele Conferintei Generale ar fi trebuit sa mearga in Rwanda in 1993 si sa declare la radio: Sunt primul pastor al adventistilor si sunt tutsi. Am venit aici sa fiu ucis impreuna cu fratii mei. A venit in 2016 sa le vorbeasca despre dragostea lui Isus si sa le spuna ca toate problemele continentului-uitat-de- dumnezeu vor fi rezolvate prin raspandirea cartii The Great Hope (The Great Controversy corecta politic).

Intre timp, presedintele bisericii din Rwanda a fost condamnat pentru complicitate la genocid. Fiul sau, directorul spitalului adventist avand ca motto: Noi va tratam, Isus va vindeca, a tratat cativa tutsi cu gloante si Isus i-a vindecat de toate necazurile. Nu ca potemkiada ar fi ignorat genocidul. Fiul unui pastor adventist ai carui parinti au fost omorati de fii altui pastor adventist si nu a mai calcat de atunci in biserica, a performat pupat Piata Independentii in show. PK avea pana acum doua sensuri: preacher’s kid si player kill. In Rwanda a avut loc o contopire semantica.

TW ar fi salvat ultima farama de credibilitate a adventismului daca ar fi spus ca Nick Nolte in Rwanda Hotel: you should spit us in the face. You are not even a nigger – continua colonelul in film – you are dirt. Nigger sunt conferintele de negri din US de care trebuie sa tii cont la alegerile GC. Dirt sunt cele un milion de amalgamari tutsi (N.B. – noi nu credem in “out of Africa”) ucisi de amalagamarile hutu. Avand in vedere ca adventistii sunt 10% din populatia Rwandei, consideram ca numarul adventistilor ucisi a fost de aproximativ 100.000. Adica, numarul celor botezati in campania Wilson. O gaura in noroi a fost astupata. Presedintele drege sparturi.

Imi amintesc de un dialog din Huckleberry Finn. Cand Hick isi justifica intarzierea motivand ca a explodat un cazan pe vasul cu zbaturi, femeia din Sud intreaba daca au fost victime. “Nu” – raspunde Huck – “doar un nigger”. “Praise de Lord – raspunde femeia – “uneori se intampla sa moara si oameni”. Praise the Lord ca fratele alb a stiut cand sa plece din Rwanda. Daca v-am convins sa vedeti Rwanda Hotel, va amintesc scena cu femeia blonda cu catelul in brate, in busul cu aer conditionat, parasind hotelul sub privirile desperate ale celor-ce-vor-fi-ucisi. Asa a plecat si echipa lui Wilson dupa ce a terminat showul. Africa ramane in mila domnului. Urmeaza Romania.

“Vre-o problema cu romanii” – intreaba presedintele. “No sir, numai ca nu au aer conditionat si nu prea folosesc sprayuri. I mean, they have a bad odor, especially when the church is overcrowded”. “No problem” raspunde presedintele ingaduitor. Iubirea acopera toate lucrurile.

Înregistrat sub Editorial

← Articole mai vechi

Articole mai noi →