Ben Carson greseste: Lucifer a trecut la republicani

27 iulie 2016 de 6 comentarii

In timp ce Bernie Sanders isi reduce aspiratiile revolutionare la promisiunea unei voci care sa fie ascultata in partid (alegerea unui candidat VP de orientare neo-liberala dovedeste cat de ascultat va fi Sanders), Trump anunta cu indrazneala implementarea agendei progresiste a lui Bernie. Trump se opune razboiului rece cu Rusia, considera NATO o structura depasita, promite sa reduca cheltuielile militare si sa investeasca banii in infrastructura si locuri de munca, se opune la TPP si TTIP, vrea sa rescrie NAFTA, vrea educatie si asistenta medicala pentru toti.

Hilary, pe de alta parte, are sprijinul neo-conseravatorilor si neo-liberalilor, a fratilor Koch, sponsorii oricarei miscari reactionare din US, si a Camerei de Comert. Mai mult, strategii campaniei lui Hilary au propus sa-l acuze pe Bernie de ateism. Planul a fost abandonat probabil de teama ca vor aliena generatia tanara de democrati.

In acest context, criticile liberale la adresa lui Trump se reduc la clisee de corectitudine politica sau intreruperi in stilul devenit familiar la Black Lives Matter.

Cu privire la suportul BLM pentru Clinton, sa ne amintim teza lui Marx ca lumpenproletariatul este aliatul capitalului in lupta de clasa. Pentru ca ce avem aici este lupta de clasa in sensul cel mai marxist al cuvantului. Democratii au facut totul sa obfuscheze conflictul de clasa in retorica opresiunii minoritatilor si a conflictelor etice. Trump a spus lucrurilor pe nume ca unul care vine din lumea marilor afaceri, asa cum a facut-o si Sanders cand a fost gasit prea radical de partidul lui Hilary.

Acelasi lucru se intampla si in Europa unde populismul de dreapta si-a insusit preocuparile unei stangi ametita de postmodernism si multiculturalism, o stanga care a devenit in mod ironic instrumentul intereselor corporate si a religiei reactionare.

Stiam ca republicanii si democratii schimba locurle cam la jumatate de secol, dar nu ma asteptam sa apuc ziua in care Partidul Republican va fi smuls din ghiarele neoconilor si corporatistilor, si rezidit pe vechea platforma, cu atat mai putin sub conducerea unui miliardar. GOP nu s-a putut reforma atata vreme cat a fost “the party of God”. O fi schimbat Lucifer partidul? Ramane de vazut.

Înregistrat sub Editorial Tagged with ,

Dinozaurul este bun doar mort

20 iulie 2016 de 43 comentarii

Cand am vazut Jurassic Park, in 1993, aveam mai multe in comun cu Ken Ham decat am acum. Intre timp mi-am schimbat opinia, nu numai cu privire la dinozauri, dar si cu privire la eroii filmului.

Sa incep cu John Hammond. Relatia dintre stiinta si marile afaceri era ceva nou pentru mine. Hammond nu este un savant vizionar ci un antreprenor care construieste un disneyland cu dinozauri clonati. Alt afacerist este Donald Gennaro, reprezentantul investitorilor pentru InGen. Gennaro nu este impresionat de aspectul stiintific al clonarii dinozaurilor. El vrea sa stie doar daca renteaza. Omul de afaceri cumpara stiinta fara sa o merite, remarca Jan Malcolm in film. Spielberg ii va da lui Gennaro ceea ce merita.

La fel ca Hammond, Ken Ham este in primul rand un antreprenor. Ambitia lui este un disneyland creationist, adica un Jurassic Park in care Jurassic inseamna antediluvian.

Aici este momentul sa amintim cele 100 milioane investite in corabia-care-nu-pluteste din Kentucky. Creationistii justifica absenta dovezilor prin absenta banilor. Cum comenta Florin Laiu intr-un post, creationismul este o Cenusareasa cinstita si nobila in timp ce evolutionismul este o impostoare rasfatata. Dovezile designului si ale potopului global ar exista dar nu au fost gasite din lipsa de fonduri. Pe cand evolutionistii, uitati-va la ei, cercetare dupa cercetare, descoperire dupa descoperire. Pentru ca li se ofera mijloacele.

Adevarul este ca, la fel ca Hammond si Gennaro, marile afaceri sunt indiferente la ideologie dar au un ochi sigur pentru rezultate. Daca ID si YEC ar putea produce dovezile pe care le promit, s-ar gasi banii. Cele 100 milioane sunt dovada. De ce nu ar investi Ken Ham 100 milioane pentru a gasi fosile de uriasi sau animale moderne in Precambrian? Raspunsul este ca, oricat ar cheltui, nu va gasi altceva decat dovezi ale evolutiei in timp adanc. Insa Ham nu a cheltuit banii cautand dovezile potopului ci construind un parc de distractii.

Jumatate din populatia americana se indoieste ca omul a fost in stare sa ajunga pe Luna, dar crede ca o ambarcatie din lemn de dimensiunea corabiei lui Noe rezista la apa. Acelasi procent de populatie crede ca oamenii au fost contemporani cu dinozaurii. Corabia nu poate pluti pe apa dar pluteste financiar. Cu siguranta ca este mai este rentabila decat un muzeu de istorie naturala. Acum intelegem de ce Spielberg a regizat cu atata pasiune infulecarea lui Donald Gennaro de catre T-Rex.

Un alt personaj este paleontologul Alan Grant. Grant nu este entuziasmat de dinozaurii clonati. Pentru el dinozaurii nu pot fi intelesi decat in timp adanc. Aici se trezesc toate prejudecatile creationistului. Singurul merit al paleontologului este, din punctul lui de vedere, descrierea fosilelor. Restul este doar speculatie. Din acelasi punct de vedere, personajul aflat la polul opus, gardianul parcului Robert Muldoon, pare sa stie mai bine. El a observat raptorii in captivitate. Grant este sceptic. El pretinde ca numai paleontologia ne poate spune spune cum se comporta un raptor in salbaticie. Grant stie ca raptorii ataca din parti. Muldoon va afla prea tarziu. “Clever girl” sunt ultimele lui cuvinte. “Clever paleontologist” s-ar fi potrivit mai bine.

Alan Grant ne transmite mesajul ca dinozaurii lui Ken Ham, la fel ca imaginile din carti cu dinozauri pentru copii evanghelici, sunt simple fictiuni. Adevarul despre dinozauri nu poate fi inteles decat in contextul evolutiei. De altfel, desi am aflat intre timp ca dinozaurii din clada care are un stramos cu pasarile aveau pene, atat seriile recente din Jurassic Park cat si Ken Ham i-au lasat in pielea goala. Jurassic Park, ca sa arate ca Grant a avut dreptate. Ken Ham, ca sa arate ca paleontologia nu are dreptate. Dinozaurii cu pene te fac sa te gandesti la evolutia pasarilor.

Purtatorul mesajului este matematicianul Jan Malcolm, teoretician al haosului. Malcolm pare sa intruchipeaze toate prejudecatile impotriva evolutiei. Grant este cel putin un empirist care speculeaza. Malcolm pretinde ca vede mai departe decat toti pe baza pur speculativa. “Life will find it’s way” este suma evolutiei la Malcolm. In cele din urma aflam ca are dreptate.

Va amintiti scena din Jurassic Park cand Jan Malcolm explica teoria haosului picurand doua picaturi de apa pe mana lui Ellie? In realitate teoria haosului este “less sexy and more matty”, comenta recent un economist, observand ca matematica haosului este ceea ce nu inteleg politicienii si jurnalistii atunci cand vorbesc despre criza financiara, incalzirea globala sau terorism.

Sa luam ca exemplu ultimul caz. De cate ori se comite un nou act de barbarism religios, media si politicienii se grabesc sa ne explice ca nu exista o predictie lineara de la religie la actul respectiv. Probabil ca au dreptate. Ceea ce ei ignora insa este distribuitia campului de aleatorii intr-un anume spatiu cultural-religios care poate fi prezis cu certitudine maxima.

Nu ne surprinde atunci ca mainstreem-ul evanghelic gaseste evolutia doar “o interpretare” a faptelor si un act de credinta. Cei care vorbesc astfel se plang de de absenta unui model determinist-linear al istoriei abisale a vietii, pe care il gasesc in schimb in bioinformatica mecanicista numita design inteligent si geologia potopului.

Determinismul linear a fost argumentul lui Laplace impotriva existentei lui Dumnezeu. “Nu am nevoie de aceasta ipoteza” i-ar fi rspuns el lui Napoleon care, ca orice politician, avea nevoie de ea. Ideea lui Laplace era ca daca am cunoaste pozitia si miscarea fiecarui atom (astazi chiar si copiii rad de aceasta premisa) am putea prezice fiecare eveniment din istoria universului. Nu mai ramane nici un loc pentru zeu sau demon, adica pentru nedeterminat. Este ironic cum argumentul ateist al lui Laplace a devenit argumentul deist al Marelui Ceasornicar la William Paley si al Marelui Programator la Intelligent Design.

Motivul pentru care matematica haosului il ajuta Malcolm sa inteleaga evolutia si demisia dinozaurilor este acela ca evolutia este haos. Pe acelasi principiu se bazeaza si sarada lui sumbra: “Dumnezeu creeaza dinozaurul, Dumnezeu ucide dinozaurul, Dumnezeu creeaza omul, omul il ucide pe Dumnezeu, omul re-creeaza dinozaurul…” Concluzia nu o stie nimeni pentru ca evolutia este impredictibila.

Sarada lui Malcolm este potrivita cu privire la o miscare fata de care Ken Ham este doar varful icebergului. Politicieni iresponsabili, afaceristi amorali, oportunisti ai amvonului, au repopulat apusul cu dinozauri din veacurile intunecate, pe care ei cred ca-i pot controla in parcul multicultural de care sunt atat de mandri. Viata isi va gasi calea intr-un fel sau altul, dar nimeni nu stie ce se va intampla. Este posibili ca unii dintre ei sa o sfarseasca ca Gennaro si Hammond. Nu ca i-ar plange cineva.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , , ,

Europa: topless dar fara pistol si steag rosu

15 iulie 2016 de 17 comentarii

Ce are statul Islamic cu ziua Bastiliei? Legatura este mai adanca decat apare la prima vedere. Existenta statelor islamice (ISIL nu este singurul) este rezultatul unei ideologii anglo-saxone care s-a nascut ca reactie la caderea Bastiliei. Mai mult, miscarea wahabista s-a nascut ca un instrument al aliantei anglo-otomane impotriva expeditiei lui Napoleon in Egipt.

Edmund Burke a pus bazele conservatorismului anglo-saxon in critica pe care a facut-o revolutiei franceze. Asa cum ne asteptam de la un aristocrat, Burke contesta notiunea rearanjarii carteziene a societatii. Traditiile si structurile de putere mostenite de la stramosi contin intelepciunea acumulata a multor generatii. Schimbarea lor poate duce la consecinte imprevizibile, ca domnia terorii in Franta. Societatile se dezvolta organic din institutiile si cutumele trecutului.

De partea continentala a disputei, Hegel si Marx au sustinut notiunea ca societatea evolueaza in salturi cuantice numite revolutii. Asemenea salturi pot fi uneori periculoase, la fel ca ale unui acrobat de circ, dar momentele de ratacire nu anuleaza legile progresului social.

Cele doua vederi reflecta istorii diferite. Common Law a crescut organic prin predcedente judiciare si reforme parlamentare, in timp ce Codul lui Napoleon s-a nascut din Revolutie si a fost dus cu sabia in Europa.

In conformitate cu aceasta filozofie, Imperiul Britanic a refuzat sa implementeze reforme radicale in India si in Arabia. Britanicii au condus India prin sultani si au orchestrat infiintarea statelor islamice din orientul mijlociu si indepartat. Pakistanul si Bangladejul au fost initial proiectate sa fie un singur stat islamic care sa prinda India lui Ghandi ca intr-un cleste. Orice revolutie seculara a fost privita cu suspicine burkeana dublata de paranoia razboiului rece.

Neoconservatorismul american este o struto-camila intre Hegel si Burke. De la Hegel au luat bonapartismul. De la Burke, notiunea ca Islamul poate fi un instrument in democratizarea si modernizarea orientului mijlociu. Vanzarea primaverii arabe reflecta teama burkeana de revolutie seculara.

Conservatori americani, ca Pat Buchanan sau George Will, au criticat viziunea hegeliana a neoconilor de pe pozitia lui Burke. Ceea ce lipseste este critica lui Burke de pe pozitia lui Hegel. In mod ironic, stanga nu a gasit alt argument impotriva aventurilor interventioniste din Irak, Libia si Siria decat cliseul reduntant al imperialismului apusean distrugand culturi inocente care nu vor altceva decat sa traiasca in pace cu restul lumii. Adica tot Burke.

Atacul islamic de ziua Bastiliei este un simbol tragic. Revolutia s-a autodezarmat atunci cand a acceptat dogma neo-burkeana a multiculturalismului si scepticismului fata de cartezianismul politic. Tabloul femeii topless cu un steag rosu intr-o mana si un pistol in cealalta a fost retusat. Topless a ramas, dar steagul si armele au disparut. Mai precis, le-a luat femeia cu hijab.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , , , ,

Necunoscute in algebra evolutiei

8 iulie 2016 de 18 comentarii

Sa ne intoarcem la secventele paralele Gorila – Om – Cimp pe care le-am analizat. Vom spune ca cele trei specii sunt frunze pe clada primate.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Am gasit distantele moleculare:

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Apoi am calculat drumul cel mai scurt. Gorila 2 + stramosul comun Om & Cimp 1 + OM 1 + Cimp 1 = 5.

Ce probleme ridica acest model?

  1. Prima problema este ca dificultatea operatiei creste exponential cu numarul de frunze. Puterea computerelor e limitata si arborele vietii este prea stufos.

  2. A doua problema este ca distanta observata este probabil mai mica decat distanta reala. De exemplu de unde stim ca T – ultima substitutie in secventa Om nu a fost mai intai C apoi T? De unde stim ca nu a avut loc o dubla substitutie? Cum calculam distanta reala (parental distance)? N.B. Diferenta intre om si cimpanzeu este prezentata uneori in valori diferite. Diferenta este intre distanta observata si distanta parentala dedusa.

  3. Cum putem calcula numarul de substitutii care a avut loc in istoria unei clade? Avem versiunea finala a textului dar nu avem ciornele.

  4. Au toate nucleotidele aceiasi rata de mutatii?

  5. Mutatiile conteaza numai la gameti. De aceea ceasurile moleculare par sa mearga mai repede la speciile cu viata mai scurta si rata de reproducere mai mare. Cum potrivim ceasurile in istoria vietii?

  6. Au existat in istoria vietii perioade cand ceasurile moleculare au mers mai repede? De exemplu in explozia din Cambrian?

  7. Care este relatia intre filogeneza moleculara si raportul fosilelor?

  8. Se poate experimenta macroevolutia in laborator (spoiler: Da).

Acestea sunt necunoscutele pe care vom cauta sa le rezolvam in prezentarile viitoare.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Cei putini, cei fericiti, cei vii

6 iulie 2016 de 260 comentarii

Modelele computationale in evolutia moleculara sunt ipoteze matematice. Aici trebuie sa fac doua precizari. Mai intai, ipotezele nu sunt derivate din observatie desi sunt verificate prin observatie. In al doilea rand, nu exista stiinta fara ipoteze.

O ipoteza verificata prin observatii devine o teorie, si o teorie confirmata prin testul falsificarii devine fapt stiintific. Un fapt stiintific este o teorie care a fost confirmata cu fiecare noua descoperire. Din acest motiv evolutia este un fapt stiintific, indiferent daca ne place sau nu.

Avem teorii si ipoteze care incearca sa explice evolutia. Pentru ca bioinformatica depinde de cea mai avansata tehnologie nu numai in secventa ADN dar si in computere, orice model computational este deocamdata ipotetic.

Aici avem un blocaj psihologic la crestinul conservator care este speculat de Intelligent Design. Orice ipoteza noua este o aventura intelectuala in necunoscut. Instinctele crestinului conservator sunt anti-aventuroase. El simte ca pierde terenul de sub picioare atunci cand nu are certitudini in alb-negru.

Argumentul principal impotriva heliocentrismului a fost acela ca era doar o ipoteza matematica. Ipoteza a devenit teorie numai dupa Newton, si nu a fost confirmata empiric decat in era spatiala. Sputnik a fost primul experiment uman cu legile lui Newton. Si totusi exista inca credinciosi geocentristi in toate religiile cartii. Este puterea instinctului. Istoria se repeta cu teoria evolutiei.

Sunt inca in circulatie carti si articole publicate acum doua decenii care sustineau ca genomul fiecarei specii este delimitat de granite impenetrabile, si ca genomul uman este radical diferit de al celorlalte vietuitoare. Notiunea ca omul este “un ordin diferit” este inca mentionata in literatura religioasa. (N. B. Omul este din ordinul primatelor deja de la Linnaeus). Un alt argument popular in literatuara creationista era acela ca omul din Neanderthal ar fi un doar Sapiens degenerat “din cauza pacatului”. Atunci cand biologia moleculara a confirmat inrudirea universala a lumii vii si diversitatea genului Homo, exponentii ID si YEC au uitat predictiile lor falsificate, la fel cum fusesera uitate predictiil mai vechi despre coloana geologica, placi tectonice, si datari radiometrice. La fel ca in cazurile precedente, a fost gasita o rationalizare superficiala si guerilla ID s-a mutat la frontierele stiintei evolutionare, unde ipoteze noi ofera un teren fecund pentru exploatarea fricii de necunoscut a crestinului conservator.

Voi caracteriza miscarea ID in cuvintele lui Nietzsche din Gay Science:

Among some pious people I found a hatred of reason and was well disposed to them for that; for this at least betrayed their bad intellectual conscience. But to stand in the midst of this rerum concordia discors [discordant concord of things] and of this whole marvelous uncertainty and rich ambiguity of existence without questioning, without trembling with the craving and the rapture of such questioning, without at least hating the person who questions, perhaps even finding him faintly amusing—that is what I feel to be contemptible…

Intr-adevar, fundamentalistul cel putin uraste ratiunea in mod deschis si isi inchide ochii la stiinta. ID-istul vede si nu se intreaba de unde si cum. Dimpotriva, el foloseste orice argument rational pentru a-l convinge pe fundamentalist sa-si inchida ochii ca oricum nu are ce vedea. Ratiunea este folosita impotriva curiozitatii intelectuale. Exista un singur raspuns: asa a vrut Dumnezeu. Restul este desertaciune si goana dupa vand – “that is what I feel to be contemptible…”.

In ce ne priveste, citez din aceiasi carte:

At long last the horizon appears free to us again, even if it should not be bright; at long last our ships may venture out again, venture out to face any danger; all the daring of the lover of knowledge is permitted again; the sea, our sea, lies open again; perhaps there has never yet been such an „open sea”.

Ceea ce se deschide in fata noastra este o aventura a cunoasterii cum nu era inca posibil acum doua decenii. Ma bucur ca nu am murit inainte ca acest orizont liber sa se deschida dincolo de Gibraltarul secolului. “We the few, we the happy, we band of brothers…” care am muscat din fructul cunoasterii oprite. Noi, cei vii. Cat despre morti, pot a-si ingroape mortii fara mine.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Despre o conversatie esuata

6 iulie 2016 de 50 comentarii

Sonata a mentionat o dezbatere video pe care nu am postat-o din cauza ca nu am putut urmari o structura disciplinata. Am propus sa ne reintalnim cu un moderator care sa impuna punctele de discutie, si propunerea ramane in picioare. Nu are rost sa contrazic impresiile lui care, fireste, difera de a le mele, atata vreme cat nu puteti urmari emisiunea, pe care am sters-o din lipsa de spatiu pe SSD. Voi raspunde doar la acele obiectii in care Sonata nu citeaza impresii ci afirmatii concrete. Nu imi amintesc exact fiecare cuvant si reactiile descrise de Sonata, dar ii ofer beneficul indoielii pentru a continua conversatia.

Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns.

Deci nu mi-am facut bine lectia. Ca unul gata sa invete oricand si de la oricine, am dat un google cu Haldane si prima pagina s-a umplut imediat cu situri ID si YEC. Nici o lucrare stiintifica. Am trecut la Wikipedia, si dupa primul paragraf am inteles de ce nu am auzit de Haldane.

Haldane’s dilemma is a limit on the speed of beneficial evolution, first calculated by J. B. S. Haldane in 1957, and clarified further by later commentators. Some creationists and proponents of intelligent design claim it remains unresolved. Today, Haldane’s Dilemma is raised mostly by creationists opposed to evolution, who claim it is evidence against large-scale evolution, and a supposed example of negligence on the part of the scientific community.
Haldane stated at the time of publication „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision”, and subsequent corrected calculations found that the cost disappears. He had made an invalid simplifying assumption which negated his assumption of constant population size, and had also incorrectly assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, while sexual recombination means that two can be selected simultaneously so that both reach fixation more quickly.

Mai jos este raspunsul din TalkOrigins:

Haldane’s „cost of natural selection” stemmed from an invalid simplifying assumption in his calculations. He divided by a fitness constant in a way that invalidated his assumption of constant population size, and his cost of selection is an artifact of the changed population size. He also assumed that two mutations would take twice as long to reach fixation as one, but because of sexual recombination, the two can be selected simultaneously and both reach fixation sooner. With corrected calculations, the cost disappears (Wallace 1991; Williams n.d.).

Haldane’s paper was published in 1957, and Haldane himself said, „I am quite aware that my conclusions will probably need drastic revision” (Haldane 1957, 523). It is irresponsible not to consider the revision that has occurred in the forty years since his paper was published.

ReMine (1993), who promotes the claim, makes several invalid assumptions. His model is contradicted by the following:
The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection.
Many genes would have been linked with genes that are selected and thus would have hitchhiked with them to fixation.
Many mutations, such as those due to unequal crossing over, affect more than one codon.
Human and ape genes both would be diverging from the common ancestor, doubling the difference.
ReMine’s computer simulation supposedly showing the negative influence of Haldane’s dilemma assumed a population size of only six (Musgrave 1999).

Imi recunosc lacunele in literatura tip ID si YEC, dar Sonata ar fi trebuit sa admita totusi ca in emisiunea Ceasuri moleculare am spus ca notiunea conform careia majoritatea mutatiilor au fost selectate pozitiv este depasita. Acesta este de fapt si unul din argumentele din TalkOrigins:“The vast majority of differences would probably be due to genetic drift, not selection” (3,a).

“Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”.

Sa ne intoarcem la Wikipedia.

In evolutionary genetics, Muller’s ratchet (named after Hermann Joseph Muller, by analogy with a ratchet effect) is a process by which the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner.[1][2] Muller proposed this mechanism as one reason why sexual reproduction may be favored over asexual reproduction. The negative effect of accumulating irreversible deleterious mutations may not be prevalent in organisms which, while they reproduce asexually, also undergo other forms of recombination. This effect has also been observed in those regions of the genomes of sexual organisms which do not undergo recombination.

Atunci cand ma acuza ca nu am auzit nici macar de Mueller’s Rachet, Sonata ignora faptul ca in emisiunea Deus sex machina am prezentat chiar teza lui Mueller mentionata in citatul de mai sus, si ca el m-a contrazis cu privire la validitatea ei. In conversatia noastra, Sonata nu s-a referit la teoria lui Mueller despre evolutia meiozei (pe care eu o sustin si el o respinge) ci la lucrari apologetice din genul ID care, in maniera devenita clasica, mentioneaza termenul “Muller’s Ratchet” intr-un context care lasa impresia ca teza: “the genomes of an asexual population accumulate deleterious mutations in an irreversible manner” ar dovedi ca mutatiile nu pot duce la evolutie. Ca aici. Cu alte cuvinte, Sonata m-a contrazis cu privire la teza numita Mueller’s Rachet dar ma acuza ca nu sunt familiar cu ea asa cum este rastalmacita in literatura creationista.

Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???”

O sa iau caricatura de portret. Cum sa nu sari in sus? Sa-l lasm mai intai pe Crick sa ne explice ce a vrut sa spuna.

I called this idea the central dogma, for two reasons, I suspect. I had already used the obvious word hypothesis in the sequence hypothesis, and in addition I wanted to suggest that this new assumption was more central and more powerful. … As it turned out, the use of the word dogma caused almost more trouble than it was worth. Many years later Jacques Monod pointed out to me that I did not appear to understand the correct use of the word dogma, which is a belief that cannot be doubted. I did apprehend this in a vague sort of way but since I thought that all religious beliefs were without foundation, I used the word the way I myself thought about it, not as most of the world does, and simply applied it to a grand hypothesis that, however plausible, had little direct experimental support.

Sonata vrea sa credem ca “dogma” lui Crick este o dogma in sens religios, cand Crick a vrut sa spuna „ipoteza centrala”. Cu alte cuvinte, pana si Crick ar fi recunoscut ca TE nu este stiinta ci credinta. Reactia mea (pe care Sonata si-o aminteste viscerala) are de a face cu lipsa de onestitate. Atunci cand il intreb pe Sonata daca are alta explicatie decat selectia naturala pentru culoarea verde a brostelor comune dar viu colorata a celor veninoase, nu astept sa schimbam subiectul pe analiza semantica a cuvantului “dogma” la Crick. Astept un raspuns pe care inca nu l-am primit.

Mai departe Sonata pledeaza impotriva emisiunii Ceasuri moleculare si a articolului Algebra evolutiei. Intrucat acestea sunt la indemana oricui, nu simt nevoia sa raspund. Internetul ne ofera acces la surse stiintifice. Oricine poate cauta termeni ca: parsimony, molecular clock, molecular philogenetics, convergent evolution, molecular computational evolution, si sa vada daca bat campii. Cand argumentul cel mai preferat este „se stie”, astept macar o referire la Wikipedia. Nu toata lumea stie ce scrie in literatura ID.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , ,

In lieu of flowers

4 iulie 2016 de 13 comentarii

Se pare că Edi ȋși lustruiește pistolul și vizitează florării adulmecȃnd o victorie iluzorie. Părerea mea este ca ar face mai bine să-și verifice muniţia pentru că deocamdată folosește cartușe oarbe. Acum o luna si jumatate i-am facut o vizita la Chicago si am avut prima noastra confruntare in fata camerei de filmat. In final, dupa mai bine de o ora de ostilitati, obosit, transpirat, exasperat, a sugerat ca “discutia nu a fost destul de bine structurata” pentru a fi publicata. L-am asigurat ca nu ma deranjeaza nici nepublicarea si nici publicarea filmarii si ca ii stau la dispozitie oricand doreste sa reluam discutia, dar numai daca vom avea si un moderator.

Pe parcursul discutiei l-am intrebat daca a auzit de Haldane’s Dilemma. “Nu”, mi-a raspuns. “Dar de Muller’s Ratchet?” “Nu, nici de asta”. Ceva mai tarziu l-am intrebat daca este familiar cu dogma centrala a biologiei moleculare. Aici a sarit ca ars cu fierul rosu: “Cine a spus ca este dogma? Cine a venit cu prostia asta”? “Stai linistit omule”, i-am spus, “nu am inventat-o eu si nici vreun alt creationist. Este expresia lui Francis Crick”. “Cum? Crick?? A spus Crick dogma???” Momentul a fost si funny si penibil in acelas timp. Stateam de vorba cu cineva care promisese ca va demonstra de ce “biologia moleculara computationala este cea mai puternica dovada in favoarea evolutiei”, dar era clar ca amicul nostru nu si-a facut mai deloc temele. Cele doua prezentari in tandem, “Ceasurile moleculare” si “Algebra evolutiei” nu au fost decat un ghiveci de ambiguitati, Edi fiind “un maestru al echivocatiilor”, asa cum a fost caracterizat de un alt amic al nostru de blog. Deci nu lipsa de claritate am acuzat-o, ci abundenta de confuzii si ambiguitati. Examinez mai jos cateva fraze si redau minutul in care apar.

0:40 “Din punctul meu de vedere asta este cel mai puternic argument si se pare ca asta este si opinia oamenilor de stiinta”.

Dupa ce ne asigura ca este doar un amator care incearca sa inteleaga lucrurile cu mintea sa, Edi sugereaza ca punctul sau de vedere este si al oamenilor de stiinta. Nu cunosc nici un om de stiinta care sa fi afirmat ca biologia moleculara computationala (caci despre asta era vorba, nu-i asa?) este cea mai buna dovada. Asadar, Edi este rugat sa citeze pe acei oameni de stiinta, ce anume au spus si unde.

1:30 “Principiul parcimoniei” … “evolutia face economie de evenimente evolutionare, de mutatii”.

2:03 “evolutia isi cauta drumul cel mai scurt, in sensul ca drumul cel mai scurt implica cele mai putine mutatii”

Acestea sunt echivocatiuni marca EdiConst. Dupa ce ani de zile si-a spalat publicul pe creier ca evolutia lucreza pe distanta a milioane si milioane de ani prin mutatii mici care se acumuleaza si produc modificari la nivel macroevolutionar (conceptie darwinista prin excelenta), Edi realizeaza ca selectia naturala nu poate produce nimic si, pe nebagare de seama, pregateste calea pentru ceea ce i se pare o revelatie de ultima ora, “mutatiile neutre”, pe care, de fapt, nu le intelege (voi reveni).  “Evolutia” nu-si cauta nimic pentru ca nu este o entitate sentienta.

11:58 “evolutia convergenta la vulturul plesuv USA/Europa, mutatii diferite dau acelas fenotip datorita adaptarii la mediu”.

Aici apare din nou elucubratia numita “evolutie convergenta” (despre care am mai vorbit), un termen gol fara nici o explicatie stiintifica, precum si confuzia de genul “cine a fost mai intai, oul sau gaina?”. Deci ce a fost mai intai? Mutatiile diferite care dau acelas fenotip? Sau adaptarea la mediu creeaza acelas fenotip? Si de ce nu ar fi lasate aceste specii sa fie pur si simplu specii diferite fara sa invocam “evolutia convergenta”? Obsesia compararii genomurilor si incercarea de a stabili fortat niste arbori filogenetici moleculari este urmarea prea multei importante acordate modelului reductionist. Voi reveni.

12:28 “principiul parcimonei – nu credem ca o mutatie apare de doua ori”.        

Ce rol are credinta la un evolutionist materialist? Desigur ca sunt mutatii care apar de mai multe ori, doar ca nu sunt din acelea aleatorii care sunt invocate de neodarwinisti, ci sunt mutatii non-aleatorii care sunt parte a proceselor fundamentale caracteristice celulei vii. Voi reveni.

13:16 “era clasica a sintezei moderne: trei tipuri de mutatii…Negative (13:30) sunt eliminate, nu le putem vedea…13:48 ele au disparut… 13:58 mutatii neutre … foarte putine …14:06 majoritatea mutatiilor care s-au pastrat sunt favorabile … cele mai multe gene ale noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii …

Sunt tot felul de probleme cu aceste afirmatii. Mutatiile trebuie discutate pe larg si intelese mai bine, ceea ce voi face mai tarziu. Toate mutatiile sunt negative din punct de vedere al informatiei, adica ele duc la o degradare a informatiei. Chiar si in cazurile cand apar mutatii adaptive (observate in experimentele de laborator), adaptarea s-a facut prin reducere de informatie sau functie. NU, nu s-au eliminat mutatiile negative (decat daca au fost extrem de severe incat au dus la extinctie rapida), un exemplu fiind Down Syndrome unde o mutatie de copiere partiala sau totala a cromozomului 21 duce la un numar de trei cromozomi in loc de doi, ceea ce provoaca mari probleme de sanatate. NU exista mutatii pozitive din punct de vedere al informatiei, adica nici un experiment nu a demonstrat aparitia de informatie noua, functionala si neexistenta pana atunci in genom. Ideea ca genele noastre au aparut ca niste mutatii favorabile in istoria vietii este doar o poveste fara nici o validare empirica.

16:36 “majoritatea mutatiilor sunt neutre”

Sunt multe de spus despre teoria neutrala a lui Kimura (1968), pe care el insusi o numeste o “ipoteza”. Ceea ce Kimura a teoretizat este ca majoritatea mutatiilor au un efect atat de mic asupra fenotipului incat pot fi considerate “neutre”. Ele sunt imperceptibile selectiei naturale (si asa este, selectia naturala nu actioneaza niciodata la nivelul nucleotidelor), ceea ce face ca ele sa nu fie eliminate de selectia naturala, ci sa se fixeze in populatie prin drift genetic, care este un proces aleatoriu. Ipoteza lui este o teoretizare, o reactie la dilema lui Haldane, despre care voi vorbi mai tarziu. Tomoko Ohta (1972) vine cu ipoteza mutatiilor “aproape neutre” (near-neutrals) care, spre deosebire de Kimura care sugereaza ca rata mutatiilor este constanta indiferent de marimea populatiei, propune ca numarul de indivizi ai unei populatii are o influenta semnificativa asupra proceselor evolutive moleculare. Problema principala cu ipoteza mutatiilor neutre sau aproape neutre este ca in timp ce se sugereaza ca aceste mutatii nu genereaza modificari la nivelul fenotipului, macroevolutia presupune exact modificarea fenotipului. Cine o produce?

20:45 “stim cand, unde … oamenii s-au despartit … pe baza ADN-ului, arheologia este doar o confirmare”.

Nu. Pretindem doar ca “stim cand, unde, etc.” si asta s-a facut exact pe baza arheologiei si paleontologiei, inainte de dezvoltarea biologiei moleculare. “Confirmarea” este urmarea calibrarii ceasurilor moleculare dupa fosile, fara de care ceasurile moleculare nu au relevanta.

21:00 “o descoperire foarte importanta legata de mutatiile neutre: ceasuri moleculare, mutatiile neutre au loc intr-un ritm constant in toata istoria vietii”.

21:45 “un cas care ticaie constant in toata istoria vietii, de la bacterie la om … rata mutatiilor neutre este constanta”.

Nu. Mai intai, rata mutatiilor nu este constanta “de la bacterie la om” ci rata mutatiilor variaza de la o specie la alta, ba chiar variaza de la o portiune a ADN-ului la alta, si variatia depinde de o serie de factori:  numarul membrilor unei populatii, varsta medie a unei generatii, conditiile de mediu, zona din ADN unde au loc mutatiile, daca este din cea care codeaza, sau nu, radiatia, agentii chimici, etc. Apoi, ipoteza “ceasurilor moleculare” a fost formulata de Emile Zuckerkandl si Linus Pauling in 1962 ca un mod de interpretare a asemanarilor si diferentelor dintre doua genomuri in ce priveste succesiunea alelelor, asumand o rata constanta a mutatiilor. Intentia lor nu a fost sa sprijine neutralismul propus de Kimura mai tarziu, in 1968, ci a fost sa sprijine evolutia asa cum era inteleasa de “clasici” ca Mayr si Simpson, adica sa evidentieze rolul selectiei naturale la nivel molecular. Zuckerkandl si Pauling au crezut ca aminoacizii sunt constransi, determinati, de o serie de factori care se manifesta constant in timp.

23:27 “faptul ca cele mai multe mutatii sunt neutre este o explicatie a diversitatii vietii”.

Repet, mutatiile “neutre” sunt de fapt mutatii negative “near-neutrals”. Oricate mutatii “near-neutrals” s-ar acumula in genom, ele nu pot duce decat la o degradare din ce in ce mai mare a genomului si in nici un caz la “diversitatea vietii”, diversitate care implica aparitia de informatie noua, functionala, capabila sa genereze noi aminoacizi, noi proteine, noi functii, noi organe, noi organisme. Edi doar preia echivocatia din ipoteza lui Kimura ca rata mutatiilor este egala cu rata fixarii lor in genom, singura ipoteza care ar fi ocolit problemele semnalate de Haldane, unde selectia naturala nu este capabila sa fixeze un numar prea mare de mutatii per generatie datorita costurilor implicate,  iar despre costurile selectiei sunt multe de spus. Voi reveni.

26:10 “cele mai multe mutatii neutre sunt substitutii, se schimba o litera, se schimba aminoacidul, se schimba fenotipul”.

Nu. Aici este echivocatiune. Kimura, Ohna, Ohta, sugereaza ca aceste mutatii nu schimba secventa aminoacizilor care compun proteinele, deci nu se schimba proteinele, si de aici rezulta ca nu se schimba fenotipul. Daca mutatiile ar fi grav negative si nu “aproape neutre”, ele ar afecta secventa aminoacizilor incat asta ar afecta forma si functia proteinelor, ceea ce ar afecta serios homeostaza si perpetuarea organismului. Este doar o speranta desarta ca “mutatiile neutre” pot duce la diversificarea vietii, cand ele nu fac altceva decat sa afecteze claritatea informatiei din ADN. Despre mutatii vom mai vorbi.

27:33 “privind in genom observam ca au fost si mutatii pozitive… s-au raspandit foarte repede”.

Din nou, trebuie sa facem distinctie intre “pozitiv” ca fiind egal cu “binefacator” (am mai spus ca binefacatoare pot fi si mutatiile usor negative in anumite conditii cand este nevoie de adaptare), dar “pozitive” in sensul de adaugare de informatie noua si functionala in ADN, asa ceva nu s-a observat in nici un experiment de laborator.

28:28 “ comparam genomuri .. unele sunt mai apropiate… provin din stramos comun”.

Asta este o concluzie pe care o tragi doar daca esti un evolutionist materialist care nu are si nici nu concepe o alternativa a complexitatii vietii, ci doar hazardul.

33:33 “ gene care s-au raspandit mai repede … mutatii pozitive supuse unei presiuni selective”.

Este o eroare de conceptie, o poveste fara acoperire faptica. Nu exista mutatii pozitive si nu exista o presiune selectiva (pozitiva) a genelor. Selectia nu actioneaza la nivelul genei, ci doar, si cel mult, la nivelul individului cu rol purificator, deci de eliminare a mutatiilor grav-negative care duc la extinctie.

35:52 “ ceasurile moleculare confirma datarile radiometrice si analiza statistica a genomurilor dupa principiul parcimoniei, confirma arborele vietii”.

Nu. Ceasurile moleculare nici macar nu functioneaza decat daca sunt calibrate dupa fosile, ceea ce este o cu totul alta problema. Ele nu confirma arborele vietii, ci sunt folosite pentru a se sugera arbori ai vietii pe baza moleculara, care adesea difera de arbori ai vietii bazati pe comparatii morfologice.

36:10 “sonata a venit cu o idee, ca biologia moleculara falsifica paleontologia; dimpotriva, paleontologia este folosita ca un ghid”.

Ceea ce am spus este ca datarile bazate pe ceasul molecular nu sunt definitorii si adesea contrazic datarile din paleontologie, iar aceste probleme au fost semnalate de insasi evolutionisti ca Francisco Ayala, Lindell Bromham, Megan Woolfit, Simon Y. W. Ho, si altii. Cum explica Edi explozia Cambriana prin conceptul ceasurilor moleculare, acesta fiind doar unul din exemplele de explozie radiala?

In eseul “Algebra evolutiei” Edi spune:

“Arborele filogenetic molecular este un model matematic. Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).”

Cine altul decat Edi a stabilit ca avem de-a face aici cu “axiome”? Si daca dansul le numeste “axiome” inseamna ca sunt cu adevarat? Eu le vad ca niste ipoteze invalide.

  1. Majoritatea mutatiilor sunt negative si aproape-neutre. Ele se fixeaza in populatii prin drift genetic, dar asta nu duce la cresterea diversitatii, care implica informatie noua, functionala, integrata cu restul informatiei din genom, ci duce la o tulburare a informatiei, o denaturare treptata si nociva.
  2. Cea mai comuna mutatie nu este substitutia unei nucleotide, care este o mutatie negativa cu o rata medie de 1 X 10-8 , ci transferul pe orizontala, care nu este aleatoriu ci se afla sub controlul diferitelor module de control si reglaj prezente in genom si in alte sub-organe ale celulei vii (per Shapiro).
  3. Rata substitutiei nu este constanta in istoria vietii. “Ceasul molecular” este o metafora asemenea celei de “raport fosil”. Asa cum fosilele nu dau nici un raport, ci termenul reprezinta modul in care niste fapte statice (fosilele) sunt interpretate, tot asa “ceasurile moleculare” reprezinta modul in care alte fapte statice (succesiunea nucleotidelor intr-un genom) sunt interpretate de oamenii de stiinta. “Ceasul” nu are sens decat daca este calibrat dupa fosile.
  4. Evolutia nu are cum sa cunoasca “principiul parsimoniei”. Viata este orice altceva decat un rezultat al parsimoniei, este de o complexitate inimaginabila din care cunoastem inca foarte putin.

In concluzie, parerea mea umila este ca Edi este in deriva intelectuala in ce priveste evolutia si biologia in general. Ani de zile a facut publicitate darwinismului si selectiei naturale (nu de mult inca batea moneda pe selectia naturala cu barza si broasca), iar acum Edi ia in brate neutralismul lui Kimura, care merge in directie opusa darwinismului si subliniaza ca selectia naturala nu joaca aproape nici un rol in evolutie. Se pare ca Edi nu intelege ca Kimura a emis ipoteza sa ca o reactie la dilema lui Haldane, si ca asemenea lui Fisher, Wright si Haldane, el a incercat sa rezolve inadvertentele prezente in modelele anterioare propuse de sinteza moderna. Adevarul este ca modelele acestor pionieri ai geneticii populatiilor au pornit de la premisa falsa ca genele si nucleotidele sunt unitati care se mostenesc independent si care pot fi selectate independent, fie pozitiv sau negativ, pe cand realitatea este ca niciodata nucleotidele nu sunt independente una de alta, ci formeaza grupuri sau ciorchini care contin intre 10000 si 1000000 nucleotide (Shapiro le numeste “insule moleculare”) si acestea se mostenesc impreuna, fara a fi vreodata rupte in bucati. Consider acest articol doar o paranteza. In editorialele viitore voi continua pe tema “Viata, ca informatie”, chiar daca pistolul meu bate la “foc-cu-foc” pe cand al lui Edi este “semi-automat”. Unii dintre noi mai trebuie sa si munceasca si nu au timp de vizite la florarii…

Înregistrat sub Editorial

Profetul, Europa, si predicatorii

1 iulie 2016 de 41 comentarii

Înregistrat sub Editorial, Video Tagged with , , ,

Algebra evolutiei

28 iunie 2016 de 19 comentarii

Dupa emisiunea Ceasuri moleculare, Sonata mi-a reprosat lipsa de claritate si Adrian Voiculescu a remarcat ca exista inca intrebari la care nu s-a raspuns. Voi incerca mai intai sa fiu mai clar. Apoi vom merge mai departe impreuna, intrebantu-ne si cautand raspunsuri.

Exista doua feluri de modele stiintifice: logico-conceptuale si matematice. De exemplu, arborele filogenetic formulat de Darwin este un model logico-conceptual. Arborele filogenetic molecular este un model matematic.

Acest model are la baza patru axiome:

1.Majoritatea mutatiilor sunt neutre din punct de vedere adaptativ insa duc la cresterea diversitatii (genetic drift, founder effect, bottleneck effect).
2.Cea mai comuna mutatie este substitutia unei nucleotide cu alta (substitutie moleculara).
3.Rata substitutiilor este constanta in istoria vietii (ceasuri moleculare).
4.Evolutia merge pe drumul cu numarul minim de substitutii (principiul parsimoniei).

Metoda consta in a alinia genomuri in secvente paralele si a construi matrici de distanta intre aceste secvente. Distanta intre doua secvente este data de numarul de substitutii in secventa originara. Pe baza matricilor de distanta si a ceasurilor moleculare se calculeaza toti arborii filogenetici posibili si este ales cel cu parsimonie maxima.

Sa alegem un exemplu simplu, pe care il vom rezolva manual. Avem mai jos trei secvente paralele de opt nucleotide, la gorila, om, si cimpanzeu.

Go
ACGTCGTA
Om
ACGTTCCT
Cimp
ACGTTTCG

Deja la prima vedere observam ca primele patru litere sunt comune la toate trei speciile, iar primele cinci la om si cimpanzeu. Plecam de la ipoteza ca secventele comune sunt mostenite de la stramosul comun. Pasul urmator este construirea matricii de distante.

Go-Om 4, Go-Cimp 4, Om-Cimp 2.

Avem deci patru substituii intre gorila si om, patru intre gorila si cimpamzeu, si doua intre om si cimpanzeu. Sarcina noastra este acum sa stabilim arborele filogenetic. Pentru aceasta, vom calcula euristic toti arborii filogenetici posibili si il vom alege pe cel cu parsimonie maxima.

Un arbore posibil ar fi acela ca Gorila, Cimpanzeul si Omul sunt trei crengi din acelasi nod, adica au evoluat in paralel dintr-un singur stramos comun. In aceasta ipoteza, fiecare secventa ar fi avut 4 mutatii, urmate de alte doua, una la om si alta la cimpanzeu. Asta implica 14 mutatii in total, adica numarul maxim posibil. Este parsimonia minima. O alta problema o constituie distanta de doua molecule intre om si cimpanzeu. Asta inseamna ca ceasul molecular ar fi mers cu o substitutie in plus la fiecare din cele doua fata de ceasul gorilei.

Sa consideram acum un alt scenariu. Gorila s-a despartit mai intai de linia stramosului comun al omului si al cimpanzeului prin doua substitutii. Stramosul comun om/cimp a suferit o substituie inainte de bifurcare, si apoi fiecare din cele doua specii a avut cate o substituie. Asta inseamna un numar de 5 mutatii si un ritm egal al ceasurilor moleculare pe parcursul procesului. Este drumul cu parsimonie maxima.

Vom determina deci arborele filogenetic cu doua noduri, primul la despartirea liniei gorilei de linia comuna, al doilea la bifurcarea omului si cimpanzeului. Lungimea crengilor in timp este direct proportionala cu numarul respectiv de substitutii moleculare.

Acum, o secventa de opt litere nu ar putea fi baza unei ipoteze. Este vorba insa de trei miliarde. Asta face ca probabilitatea sa depaseasca nivelul indoielii rezonabile. Pe de alta parte, analiza unei matrici atat de complexe nu se poate face manual, insa operatia este in principiu aceiasi.

Exista intrebari? Numele lor este legiune. Avem toate raspunsurile? Stiinta nu are niciodata toate raspunsurile. Adevarul este ca avem mai multe modele ale evolutiei moleculare la fel de valide. Acesta nu este insa un argument pentru scepticism intelectual. Intr-o zi vom avea raspunsuri la intrebarile prezente, dar raspunsurile vor da nastere la alte intrebari. Cunoasterea este o aventura, si aventurile nu sunt pentru cei care nu tolereaza incertitudini.

Vom explora in continuare certitudinile si incertitudinile evolutiei. Deocamdata am incercat doar sa fac mai clare cateva idei din prezentarea video.

Înregistrat sub Editorial Tagged with , ,

Un altfel de baptist

24 iunie 2016 de 6 comentarii

Înregistrat sub Editorial Tagged with , , , ,

← Articole mai vechi

Articole mai noi →